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作者:东京樱花 发表于 2018-11-19 16:30:21
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我用ms的dpd模块建立的表面活性剂、水溶液模型,因为该模块不能输出car文件,所以我直接输出了msd文件,然后用里面的坐标手写data文件,不知道为什么运行时出现了 Unknown identifier in data file: 20249  0  3  12.67969.9493 21.4875 (../read_data.cpp:1549)的错误。我原子style定的是bond。data文件、in文件如下:
data:
LAMMPS 3d surfactant data file

  20251 atoms
   3038 bonds
   0angles
   0dihedrals
   0impropers

   3atom types
   1bond types
   0angle types
   0dihedral types
   0improper types

0.0000000E00 15.00000  xlo xhi
0.0000000E00 15.00000  ylo yhi
0.0000000E00 30.00000  zlo zhi

Masses

   1 1.000000  
   2 1.000000  
   3 1.000000  

Atoms
1
1
1
10.7537 12.0429 26.8374  
2
2
1
1.6312 13.4848 7.3069  
3
3
1
13.9371 14.8486 18.7519  
4
4
1
10.1436 12.9190 29.5385  
……
20248
0
3
5.9272 11.4104 10.0652  
20249
0
3
12.6796 9.9493 21.4875  
20250
0
3
2.3158 4.0815 8.1375  
20251
0
3
12.6128 6.2497 10.9017
Bonds
1
1
1
3039

2
1
2
3040

3
1
3
3041

……
3035
1
3035
6073

3036
1
3036
6074

3037
1
3037
6075

3038
1
3038
6076

in文件:
dimension
3
neighbor
2.0 bin
neigh_modify
delay 3
atom_style
bond
read_data
data.micelle
……
程序到这就出错了……求教原因,万分感谢
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 楼主| 发表于 2018-11-19 16:30:40 | 显示全部楼层
不知道怎么回事,发出来的data里面有些数据变成竖着了……原本不是这样的哈,就是按着atomid,molecularid,atomtype,x,y,z一行行写的
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发表于 2018-11-19 16:30:44 | 显示全部楼层
2万多粒子,手写恐怕不行吧,肯定有个转换坐标的程序吧?
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发表于 2018-11-19 16:31:01 | 显示全部楼层
这个问题的实质是伤其十指还是断其一指的问题。
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发表于 2018-11-19 16:31:04 | 显示全部楼层
真的不容易
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 楼主| 发表于 2018-11-19 16:31:07 | 显示全部楼层
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