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作者:独占你的爱 发表于 2018-11-19 14:18:58
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刚接触lammps不到一个月,对于建模,根据manual是有很多前期,后期处理tools。 像lmp2arc lmp2md lmp2cfg msi2lmp ch2lmp 之类!我想大部分人常用msi2lmp,利用material studio 建模转为lammps可读文件!但是我用它每次去转换都不成功,对ms建模也不是十分熟悉,请问该怎么解决??听导师说也可以编个程序把模型转化为lammps文档 但是对于刚接触lammps 又不是很熟悉MD的新手该如何办呢?编程也是马马虎虎,现在是左右为难!
另外,对于log文件中的thermo数据,我想取出来,有什么好办法吗?还是直接利用dump命令储存为其它文件?有没有关于这方面的范例?求各位大神们指导!非常感谢.
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发表于 2018-11-19 14:19:20 | 显示全部楼层
我也是,同求指导
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发表于 2018-11-19 14:19:36 | 显示全部楼层
LAMMPS可读文件是指in文件中read_data后面调用的文件,这种文件都有特定的格式,比如开始几行要写明原子总数、类型、质量等等,主要内容还是各个原子的编号和坐标。具体格式你可以参考手册read_data的说明。
你可以直接在MS中建好模型,然后把原子坐标都导出来,再写一个小C程序,给每个原子前面都加上编号、类型,如果原子数少,直接手动加都行。最后在开始几行处手动加上一些信息就行了。
log文件中的数据,你直接用vi或notepad打开它,把有用的复制出来就行了。这两个文件编辑器都有WINDOWS版本,很容易下载到。
希望对你有帮助。
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 楼主| 发表于 2018-11-19 14:19:46 | 显示全部楼层
谢谢,有c或C语言的读写data文件程序没?想找个参考一下!
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发表于 2018-11-19 14:20:05 | 显示全部楼层
附件是我以前用过的C代码。我有很多个人习惯,比如我编译C/C文件都是用高能的一套数据处理程序叫ROOT,有时候也用LINUX的g编译,反正很灵活,就导致代码中很多格式可能不标准。但整个原理是很简单的,建模的步骤在readme中写了,你可以参考。
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 楼主| 发表于 2018-11-19 14:20:11 | 显示全部楼层
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