有个问题想请教各位前辈，关于lammps里的原子半径设置问题，我在LAMMPS_short_manual中看到可以用shape命令来控制，但是在manual文件和lammps官网上都没找到这个命令，那么现在的lammps里是不是不能给原子设置半径大小了呢？都是把原子当成质点来模拟的么？
还有就是关于lj/cut势场的问题：我模拟的是氮和氧这样的双原子分子，把分子设成了刚体；lj/cut势场命令计算的应该是原子间的作用力吧，但是我只找到了氮分子和氧分子的lj势参数（O2 106.7K， 0.3467nm；N2 71.4K， 0.3798K），请问有方法把相互作用力施加在分子间么？或者有哪位前辈知道氮原子和氧原子的lj势参数吗？
多谢各位前辈了！

LJ势函数参数sigma和epsilon怎么确定呢，尤其是分子的，可以用分子内原子的参数计算吗？楼主知道吗？或者哪位大神知道的帮帮忙啊

香草先生 发表于 2018-11-19 11:57
LJ势函数参数sigma和epsilon怎么确定呢，尤其是分子的，可以用分子内原子的参数计算吗？楼主知道吗？或者 ...

分子内分子间不同。分子间是范德华力，找参数或自己根据dft计算值拟合。