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作者:团子良 发表于 2022-8-18 15:02:29
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分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法。
近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。分子对接使用到的软件和操作教程有很多,那今天给大家介绍下如何将生信分析和分子对接相结合,以此来为我们的文章增加亮点。
两篇文章都是21年见刊,第一篇发表在INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES;第二篇发表在Frontiers in oncology。

两篇文章都是针对卵巢癌的研究,卵巢癌是全球第六大最常见的癌症和最致命的妇科恶性肿瘤,而上皮性卵巢癌 (EOC)则是一种侵袭性恶性肿瘤,最常在疾病晚期诊断。目前,最常见的治疗方法是手术联合铂类联合化疗,由于耐药性,卵巢癌的长期存活率仍然很低。所以这两篇文章综合生信分析得到一些关键核心基因,进一步通过分子对接匹配潜在的药物,最后通过体外实验来验证预测结果。感兴趣仔往下看!

1、常见的特征基因鉴定:这里为了保证结果可靠性,采用三套以上的数据进行差异分析,然后选取共有基因集合;
2、PPI网络模块分析与鉴定Hub基因:这里主要使用STRING网站和cytoscape软件进行实现;
3、相关药物确定:这里可以使用自己开发的小分子的衍生物;也可以整合CMAP 和 LINCS两个数据库的结果对已知药物进行再利用。
4、通过分子对接表明候选药物与Hub基因之间的相互作用:这里可以使用Schrodinger Glide或autodock实现,选择一种已知药物作为对照(Paclitaxel和AZD5438),以此增加候选药物的有效性。
5、体外研究:

该文章转自微信文章,如有侵权删

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