VTST编译出错,求大家帮助

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作者:許你一世溫柔 发表于 2018-10-24 14:41:52
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VTST编译出错,求指教,我的VASP版本是5.4.4;报错信息如下:
make[2]: *** No rule to make target 'bfgs.f90', needed by 'bfgs.o'.  Stop.
make[2]: Leaving directory '/home/linan/vasp/vasp.5.4.4/build/std'
cp: cannot stat 'vasp': No such file or directory
makefile:142: recipe for target 'all' failed
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/linan/vasp/vasp.5.4.4/build/std'
makefile:10: recipe for target 'std' failed
make: *** [std] Error 2
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:42:14 | 显示全部楼层
makefile文件如下:
# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
             -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
             -Duse_collective \
             -DscaLAPACK \
             -DCACHE_SIZE=4000 \
             -Davoidalloc \
             -Duse_bse_te \
             -Dtbdyn \
             -Duse_shmem

CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC         = mpif90
FCL        = mpif90 -mkl=sequential -lstdc++

FREE       = -free -names lowercase

FFLAGS     = -assume byterecl -w
OFLAG      = -O2
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
DEBUG      = -O0

MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =
LAPACK     =
BLACS      = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o

INCS       =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS      = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)


OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS   = icpc

LIBS       += parser
LLIBS      += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
                   -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
                   -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC    = $(I_MPI_
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发表于 2018-10-24 14:42:37 | 显示全部楼层
不是makefile.include的事,是修改.object的事儿,建议你再次检查这个文件,并保证vtst那几个.F文件已经正确拷贝进去了
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:43:08 | 显示全部楼层
久念成瘾 发表于 2018-10-24 14:42
不是makefile.include的事,是修改.object的事儿,建议你再次检查这个文件,并保证vtst那几个.F文件已经正 ...

谢谢您的回复,.objects文件我已经修改好了,而且在VTSTtool官网下载的文件也已经放到了src文件夹下面了;直接复制进去的,不知道哪里还有问题,希望得到您的帮助。
修改的.objects文件
  paw.o \
        mkpoints_full.o \
        charge.o \
        Lebedev-Laikov.o \
        stockholder.o \
        dipol.o \
        solvation.o \
        pot.o \
        dos.o \
        elf.o \
        tet.o \
        tetweight.o \
        hamil_rot.o \
        bfgs.o \
        dynmat.o \
        instanton.o \
        lbfgs.o \
        sd.o \
        cg.o \
        dimer.o \
        bbm.o \
        fire.o \
        lanczos.o \
        neb.o \
        qm.o \
        opt.o \
        chain.o \
        dyna.o \
        k-proj.o '
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发表于 2018-10-24 14:43:26 | 显示全部楼层
上面的错误更像是编译器mkl库的问题。确定没加VTST之前是可以正确编译的吗
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:44:34 | 显示全部楼层
我又改了一下,重新make了一下,又开始报错了
mpif90 -free -names lowercase -assume byterecl -w -O2 -I/opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/include/fftw -c fft3dlib.f90
fpp -f_com=no -free -w0 fftw3d.F fftw3d.f90 -DHOST=\"LinuxIFC\" -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective -DscaLAPACK -DCACHE_SIZE=4000 -Davoidalloc -Duse_bse_te -Dtbdyn -Duse_shmem -DNGZhalf
mpif90 -free -names lowercase -assume byterecl -w -O1 -I/opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/include/fftw -c fftw3d.f90
fpp -f_com=no -free -w0 main.F main.f90 -DHOST=\"LinuxIFC\" -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective -DscaLAPACK -DCACHE_SIZE=4000 -Davoidalloc -Duse_bse_te -Dtbdyn -Duse_shmem -DNGZhalf
mpif90 -free -names lowercase -assume byterecl -w -O0 -I/opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/include/fftw -c main.f90
mpif90 -mkl=sequential -lstdc++ -o vasp c2f_interface.o base.o profiling.o openmp.o mpi.o mpi_shmem.o smart_allocate.o xml.o constant.o jacobi.o main_mpi.o scala.o asa.o lattice.o poscar.o ini.o mgrid.o xclib.o vdw_nl.o xclib_grad.o radial.o pseudo.o gridq.o ebs.o mkpoints.o wave.o wave_mpi.o wave_high.o bext.o spinsym.o symlib.o symmetry.o lattlib.o random.o nonl.o nonlr.o nonl_high.o dfast.o choleski2.o mix.o hamil.o xcgrad.o xcspin.o potex1.o potex2.o constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o paw_base.o metagga.o egrad.o pawsym.o pawfock.o pawlhf.o rhfatm.o hyperfine.o paw.o mkpoints_full.o charge.o Lebedev-Laikov.o stockholder.o dipol.o solvation.o pot.o dos.o elf.o tet.o tetweight.o hamil_rot.o bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o chain.o dyna.o k-proj.o sphpro.o us.o core_rel.o aedens.o wavpre.o wavpre_noio.o broyden.o dynbr.o reader.o writer.o tutor.o xml_writer.o brent.o stufak.o fileio.o opergrid.o stepver.o chgloc.o fast_aug.o fock_multipole.o fock.o fock_dbl.o mkpoints_change.o subrot_cluster.o sym_grad.o mymath.o npt_dynamics.o subdftd3.o internals.o dynconstr.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o vdwforcefield.o hamil_high.o nmr.o pead.o subrot.o subrot_scf.o paircorrection.o rpa_force.o force.o pwlhf.o gw_model.o optreal.o steep.o rmm-diis.o davidson.o david_inner.o lcao_bare.o locproj.o electron.o rot.o electron_all.o shm.o pardens.o optics.o constr_cell_relax.o stm.o finite_diff.o elpol.o hamil_lr.o rmm-diis_lr.o subrot_lr.o lr_helper.o hamil_lrf.o elinear_response.o ilinear_response.o linear_optics.o setlocalpp.o wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o gauss_quad.o m_unirnk.o varpro.o minimax.o mlwf.o wnpr.o ratpol.o pade_fit.o screened_2e.o wave_cacher.o crpa.o chi_base.o wpot.o local_field.o ump2.o ump2kpar.o fcidump.o ump2no.o bse_te.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o rmm-diis_mlr.o linear_response_NMR.o wannier_interpol.o linear_response.o dmft.o auger.o dmatrix.o elphon.o fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o /opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a main.o  -Llib -ldmy /opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/libmkl_scalapack_lp64.a -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -Lparser -lparser -lstdc++
ifort: error #10236: File not found:  '/opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/opt/intel/composer_xe_2015.6.233/mkl/libmkl_scalapack_lp64.a'
makefile:145: recipe for target 'vasp' failed
make[2]: *** [vasp] Error 1
make[2]: Leaving directory '/home/linan/vasp/vasp.5.4.4/build/std'
cp: cannot stat 'vasp': No such file or directory
makefile:142: recipe for target 'all' failed
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/linan/vasp/vasp.5.4.4/build/std'
makefile:10: recipe for target 'std' failed
make: *** [std] Error 2
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 楼主| 发表于 2018-10-24 14:44:55 | 显示全部楼层
我把空格删了,然后进行了编译,中间没有报错,最后也成功的编译出了std,gam,ncl三个文件;但是实际测试的时候vasp不能进行计算,出现如下的东西,您能看一下是什么问题么:
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp_std           00000000018264C1  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           0000000001824977  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           00000000017AA264  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           00000000017AA076  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           0000000001757426  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           000000000175DC2D  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread.so.0    00002B540A51E390  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.40       00002B540AE2543E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00002B540A2F9E62  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00002B540A2EC139  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00002B540A2EBB31  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           0000000000443515  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           0000000000ED40B0  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           0000000000F3E9B6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           00000000015E3932  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           00000000015C100E  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           000000000041099E  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00002B540B3F8830  Unknown               Unknown  Unknown
vasp_std           0000000000410899  Unknown               Unknown  Unknown
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[9273,1],17]
  Exit code:    174
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