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作者:孤巷里的猫 发表于 2018-11-27 10:00:23
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各位好,
我没有直接用Amber软件包,但是用到Amber力场参数(在Gaussian里面)。在发表于J. Am. Chem. Soc.,117, 5179 (1995)的Amber力场参数里,我发现有些扭转参数为0,不太理解。例如对X-CA-CT-X组成的二面角的参数为:
torsion,   no. of paths, V_n/2, gamma, n
X-CA-CT-X,  6 ,     0.00,    0.0, 2.0
又如:
CT-CT-C-N   1,     0.100,    0.0,  -4.0
CT-CT-C-N   1,     0.000,    0.0,  -3.0
CT-CT-C-N   1,     0.07,    0.0,  -2.0
CT-CT-C-N   1,     0.000,  180.0, 1.0
对于CT-CT-C-N,既然第二和第四行为0,何必还要列出呢?
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