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新窗
用gromacs模拟时一定要做NVT、NPT平衡的步骤吗?
grace
2018-11-23
新窗
RT。 看水中的溶菌酶的时候有这两步,需要npt.mdp nvt.mdp,再做md的时候还要个md.mdp 但官网上的教程里做完能量最小化后就直接一个pr.mdp试跑了。。。 限制性和非限制性动力学到底在操作上有什么差别呢? 谢谢各位大 ...
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分子模拟
Gromacs的"pull code"怎么没有了AFM方法?
Catherine
2018-11-23
新窗
取而代之的是Constant force pulling, 不知道对不对?
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分子模拟
gromacs的x2top命令用到的n2t文件问题请教
ashley
2018-11-23
新窗
请问一下,有人遇到过使用gromacs的x2top命令时候,对于n2t文件中定义的原子不能正确识别的情况么? 如-OH和-COOH中的H原子。n2t中定义: H H1 0.45 1.008 1 O 0.0960 ;-COOH H H2 0.418 1.008 1 O 0.12 ;-OH x2top ...
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分子模拟
Gromacs怎么安装
PRICE
2018-11-23
新窗
我是很初级的那种,周围也没有人懂得,只好请教。网上也找不到相关教程。下了一个我word教程,但不明白怎么做 执行命令:./configure --prefix=HOME/lib/lam-7.1.4 --without-fc--with-rsh="ssh-x" 不明白什么意思, ...
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分子模拟
MDP参数设置(rvdw)
alira
2018-11-23
新窗
大家好,请教一个问题,在用gromacs做蛋白质分子模拟时,使用OPLS-AA/L力场,那么在MDP的参数设置中看到有如下设置: rlist = 1.0 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 1.0 ; short-range el ...
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分子模拟
如何延长NVT,NPT
alice
2018-11-23
新窗
在平衡阶段发现所用时间不够达到平衡,想在原来的基础上继续延长NVT和NPT的时间,请问一下应该如何操作?谢谢啊!
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分子模拟
GROMACS在GPU加速测试情况
Decadent
2018-11-23
新窗
GROMACS已经向CUDA平台进行了移植,从而可实现GPU加速功能,这一版本还支持Particle-Mesh-Ewald(PME)、非键合相互作用的任意形式以及隐式溶剂Generalized Born等方式。 ...
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分子模拟
Fatal error: Failed to lock: md.log. Function not implemented.
独占你的爱
2018-11-23
新窗
大家好,我在做NVT阶段时,由于系统不平衡,我想在原有的基础上延伸模拟,操作如下: tpbconv -s nvt.tpr-extend 2000-o next1.tpr mpirun -np 4 mdrun_mpi -reprod-s next1.tpr -cpi nvt.cpt 完成后,得到如下文件 ...
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分子模拟
求教REMD和RMSD模拟
独占你的爱
2018-11-23
新窗
请问有人了解REMD和RMSD模拟的区别吗?能详细介绍下吗?我刚接触分子模拟,对这方面实在不了解~谢谢了
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分子模拟
VMD如何保存pdb文件
要疼你一辈子
2018-11-23
新窗
我想把gro转成pdb文件。试过 pdb2gmx -f file.gro -o file.pdb, 但系统提示错误,说找不到离子,奇怪了,我的topol.top文件里明明有ions.itp 和 离子名称以及个数。如果用命令不好转的话,用VMD如何转?请说得详细 ...
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分子模拟
蛋白结构的变化与蛋白内部的氢键有关联吗?
我的爱只是你
2018-11-23
新窗
做了一组模拟,分析蛋白的RMSD值,变化挺大,但是分析蛋白内部的氢键,却发现基本处于平衡状态,没太大变化。 想请教各位,结构的变化与氢键的变化有关系吗 ...
查看全文
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分子模拟
Free energy of solvation about peptide
不怕世界末日
2018-11-23
新窗
大家好!请教一个问题,如果用GROMACS计算一堆肽段的free enery of solvation,用 g_bar -f md*.xvg -o -oi -oh程序可以得到三个文件:bar.xvg, barint.xvg, and histogram.xvg 用这三个文件是否能够实现这些肽段fre ...
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分子模拟
肽段模拟平衡时间
久而旧之
2018-11-23
新窗
如果模拟6到10个氨基酸的肽段,大家用到的平衡时间大概是多少啊?
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分子模拟
蛋白结构的变化与蛋白内部的氢键有关联吗?
是一场戏
2018-11-23
新窗
做了一组模拟,分析蛋白的RMSD值,变化挺大,但是分析蛋白内部的氢键,却发现基本处于平衡状态,没太大变化。 想请教各位,结构的变化与氢键的变化有关系吗 ...
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分子模拟
请教关于force extension curve的计算问题
先生请自重
2018-11-23
新窗
有看到这个曲线可以进行一些分析,但是我找了好久也没有找到如何能够做出这个force etension curve,汗。。。 我做的是把脂分子从蛋白载体中pull out的过程。 有没有哪位大侠有链接或者资料能让我参考一下,看看怎么 ...
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分子模拟
gromacs继续算,想保存当前的速度信息
你是我的
2018-11-23
新窗
gromacs跑MD,一开始设定跑10 ns,停下来之后如果想接着再跑10 ns,想保留10 ns处的速度信息,是不是只需把mdp文件里的gen_vel参数改为no就行了?
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分子模拟
模拟聚合物在水溶液中的构象
半粒糖甜到傷
2018-11-23
新窗
请问北京这边哪位老师做分子模拟比较厉害?模拟聚合物在水溶液中的构象。想去请教一下。我想模拟聚合物分子在不同的盐溶液中的骨架形态,如卷曲或伸展的,尝试了各种表示方法(如:回转半径,末端距离,顺反异构体, ...
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分子模拟
醋酸钠如何让GROMACS识别
没网名用了
2018-11-23
新窗
大家好! 在GROMACS 中添加离子,如Nacl,可以用-pname NA -nname cl 表示 不知道醋酸钠应该如何表示? 谢谢啊!
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分子模拟
VMD如何察看某一个分子周围的其他分子?谢谢拉!
我在乎你的在乎
2018-11-23
新窗
VMD如何察看某一个分子周围的其他分子?谢谢拉! 不胜感谢!:)
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分子模拟
g_dist 计算分子中的两个原子的距离,如何排除镜像?
香草先生
2018-11-23
新窗
g_dist 计算分子中的两个原子的距离随时间的变化时,发现计算的距离是这样的:例如计算A和B两个原子间的距离,总是会比较A和B原子以及B的各个镜像原子的距离,从中找到距离最短的一个。我想知道如何排除镜像,只算A ...
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