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新窗
双链的蛋白质模拟轨迹的处理
独特之蕞
2018-11-26
新窗
我模拟了一个protein-protein complex,查看轨迹文件时发现,两条链在处理轨迹的时候是分开的,而不是作为整体移动的,如图: 请问这种情况应该怎么处理,才能让两条链作为一个整体移动呢?我md已经跑完了,不会需要 ...
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分子模拟
g_covar问题
韩小苏
2018-11-26
新窗
g_covar里有个-fit和-ref,手册中说-fit:Fit to a reference structure;-ref:Use the deviation from the conformation in the structure file instead of from the average。这两个命令是什么意思啊? ...
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2000
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分子模拟
蛋白模拟
苏莹
2018-11-26
新窗
我是使用gromacs进行动力学模拟的,但在进行蛋白模拟时发现,模拟时间如果过长的话,蛋白就会跑散了,这是怎么回事呢?请教各位高手指教。
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1885
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分子模拟
GROMACS中的mdp文件的总结
紫夜雪舞
2018-11-26
新窗
这是本人对GROMACS中的mdp文件的一些总结,主要参照的是一些教程和GROMACS的manual,还算比较全,希望对大家有帮助!!
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分子模拟
Gromacs如何输出不含水的pdb文件呢
陌上雪见
2018-11-26
新窗
输出的pdb文件实在太大了 笔记本打开太吃力 如何让gromacs只输出蛋白结构产生pdb文件呢 麻烦高手指教下
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1983
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分子模拟
g_msd求扩散系数
一抹烟红
2018-11-26
新窗
请教大家,最近用gromcs计算扩散系数,使用命令为g_msd -f md.trr s md.tpr -o msd.xvg,整个体系为一个纯体系,包括5000个原子,直接用上述命令求出来的扩散系数可信吗?看相关帖子说拟合的时候需要仔细选取拟合的起 ...
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分子模拟
atomselect怎么选择2个指定原子?
饭饭
2018-11-26
新窗
请教大家,用VMD选择指定的原子,选择分子中一个羧基的羟基部分和羰基O,pdb如下所示 ATOM 1C1 PA 2 -28.480 -48.800 7.9701.000.00 ATOM 2O2 PA 2 -27.580 -47.810 7.8401.000.00 ATOM 3O3 PA 2 -28.210 ...
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分子模拟
Fatal error:
回眸在曲末
2018-11-26
新窗
Fatal error: Could not find any files ending on '.atp' in the force field directory './gromos53a6_lipid.ff' 在做 GROMACS Tutorial KALP15 in DPPC时。使用pdb2gmx -f dppc128.pdb -o dppc128.gro出现以上错 ...
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分子模拟
gromacs如何导入别人做好的小分子力场文件
谜一般的女人
2018-11-26
新窗
rt,我要模拟的体系里有ADP存在,所以我想引入别人已经做好的关于ADP的力场文件。不过这些都是基于amber力场,不知道在gromacs中该如何导入。 求各位大侠指导,先谢谢了 ...
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分子模拟
关于反应力场
凄羙如嘩
2018-11-26
新窗
在我的动力学模拟过程中牵扯到一些化学反应,看到一些文献中使用反应力场达到了好的效果,我也有这方面的想法,但是对于反应力场了解甚少,希望有哪位前辈做过这方面的给予指导。我的主要问题有: (1)反应力场是不 ...
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分子模拟
gromacs能否计算受体与配体间的相互接触面积
暗夜幽雪
2018-11-26
新窗
gromacs能否计算受体与配体间的相互接触面积,或者还有什么软件有此功能,谢谢!!!
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分子模拟
如何删除脂层中的水
芦苇薇薇
2018-11-26
新窗
请问一下各位高手,gromacs跑动力学之前盒子里面加完水之后,脂层中间也会加入部分水,请问有什么好的方法可以去除里面的水? 谢谢,跪求答案 注:本人比较菜鸟不会编脚本,哪位高手有相应的脚本文件可否共享一下 ...
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分子模拟
为什么NPT下就爆裂了?
夏至未至
2018-11-26
新窗
在固定某些原子时,使用NVT下没问题; 但当固定某些原子时,使用NPT总是系统暴裂; 我使用如下命令进行固定: freezegrps = freezedim =Y Y Y 并也测试了在itp文件中利用束缚,都是爆裂。 请各位高手指教? ...
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分子模拟
inflateGRO过程中对含有2条链的蛋白position_restrains
巴黎左岸
2018-11-26
新窗
我目前在做一个含有2条链的蛋白质横跨在膜内,用inflateGRO的方法把蛋白质放入膜内,扩大后 然后对蛋白质XYZ位置限制,EM后出现 求解,细节方面,因为蛋白质还有2个链,在top文件里分别include2个链子的topol.itp.我 ...
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分子模拟
求问如何加随时间变化的电场?
雨梦迟歌
2018-11-26
新窗
已经知道在mdp文件里加入如下命令可以令盒子产生y方向的匀强电场,那么如何使之随时间变化呢?只变电场大小。是在“E-yt = ”项后面进行修改么?; Electric fields ; Format is number of terms (int) and for al ...
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分子模拟
速度自相关函数请教
馨染回忆
2018-11-26
新窗
请教大家,我用gromacs跑了一个体系,现在想做有关速度自相关函数的东西,查阅了相关资料,http://www.compsoc.man.ac.uk/~lucky/Democritus/Theory/msd2.html 知道v=v(0)v(s),那么在gromacs具体怎么操作呢?是自己 ...
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分子模拟
Gromacs GPU安装问题
淘気啲
2018-11-26
新窗
用openmm4.1.1 Cuda4.2 在redhat5.5 上安装gromacs4.6-beta2,安装完成后测试提示Fatal error: OpenMM exception caught while initializating: Posq: cudaMemcpy in CUDAStream::Upload failed invalid argument 这 ...
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分子模拟
gromacs运算的问题
遗失那温柔
2018-11-26
新窗
本人gromacs的新手,刚开始接触不久,在对体系进行能量最小化的时候,计算过程中会生成大量的step.pdb文件,请问怎样才能不让这些文件生成呢?
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分子模拟
请教抗衡离子的问题
鎭鈊爱你
2018-11-26
新窗
请问各位,做动力学的时候,如果一个是酶-辅酶复合物,一个是酶-辅酶-底物复合物,抗衡离子的位置要一样吗?是不把从酶-辅酶复合物中生成的含抗衡离子的.gro文件中把抗衡离子坐标复制出来,然后粘贴到酶-辅酶-底物复 ...
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分子模拟
有关gromacs中模拟sio2的力场选取
窨楽饷起
2018-11-26
新窗
本人是刚认识gromacs,请问大家,在gromacs中模拟sio2,应该选取什么力场。 如果允许的话,大家可不可以教授一下我如何去选取,有什么方法途径之类的。 不吝赐教,在此感激不尽。 ...
查看全文
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分子模拟
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