极客首页
快捷导航
手机客户端
求知爱好者必备神器
极客问答客户端
Android版
iPhone版
更多
设为首页
收藏本站
|
绑定微信
登录
注册
首页
话题
导读
论坛
课堂
消费奖励
首页
论坛
签到
相册
提问
搜索
本版
文章
帖子
用户
每日签到
【建模仿真软件】
>
板块前沿新闻
matlab
COMSOL Multiphysics
LMS Virtual.Lab
ABAQUS
ANSYS--低频软件(Maxwell \PExprt\Rmxprt\Simplorer)
高频软件(HFSS\Designer \SIwave\DesignerSI)
MSC.ADAMS
Itasca
【计算模拟】
>
板块前沿新闻
Python
Materials studio
第一性原理
分子模拟
量子化学
分子对接
图形可视化
【学术分类】
>
生命科学
化学科学
医药科学
工程材料
【学术交流】
>
论文投稿
学术会议
论文翻译
【资源共享】
>
影视资源
电脑软件
课件资源
科研资料
科研工具
手机资源
资源求助
【休闲生活】
>
招聘信息布告栏
找工作
公务员考试
休闲灌水
术友互识
健康生活
职场人生
竞技体育
有奖起名
版主招聘,申请及离职
违规备案
最新新闻
极客学术-科研知识第一站
»
论坛
›
【计算模拟】
›
分子模拟
RSS订阅
版块导航
【建模仿真软件】
板块前沿新闻
matlab
COMSOL Multiphysics
LMS Virtual.Lab
ABAQUS
ANSYS--低频软件(Maxwell \PExprt\Rmxprt\Simplorer)
高频软件(HFSS\Designer \SIwave\DesignerSI)
MSC.ADAMS
Itasca
【计算模拟】
板块前沿新闻
Python
Materials studio
第一性原理
分子模拟
量子化学
分子对接
图形可视化
【学术分类】
生命科学
化学科学
医药科学
工程材料
【学术交流】
论文投稿
学术会议
论文翻译
【资源共享】
影视资源
电脑软件
课件资源
科研资料
科研工具
手机资源
资源求助
【休闲生活】
招聘信息布告栏
找工作
公务员考试
休闲灌水
术友互识
健康生活
职场人生
竞技体育
有奖起名
版主招聘,申请及离职
违规备案
最新新闻
分子模拟
+
发表话题
加关注
收起 ↑
全部分类
LAMMPS/DL_POLY
GROMACS
Amber
NAMD
DS/Sybyl/Autodock
Monte Carlo
ME/Gulp
Hyperchem
CPMD/CP2K
热点前沿问题讨论
资源
其它
版务
最新
热门
热帖
精华
新窗
linux下Curves软件的安装
要疼你一辈子
2018-11-28
新窗
求助Curves软件在linux下的安装教程,谢谢~~~
1964
0
0
0
分子模拟
蛋白质活性腔大小分析
我的爱只是你
2018-11-28
新窗
大家好,做完动力学后的轨迹文件,如何来分析蛋白质活性腔的大小?看了文献,有的是计算分子表面积,但是我个人觉得如果这样的话,那么你选取的氨基酸多一个和少一个,结果就会差很多!希望高人指点。 ...
查看全文
2076
2
0
0
分子模拟
请问模拟相平衡可用什么软件?
独占你的爱
2018-11-28
新窗
请问模拟相平衡可用什么软件?
1953
0
0
0
分子模拟
chamber使用的问题
不怕世界末日
2018-11-28
新窗
我在用DS泡网动力学后,想用amber的mmpbsa分析结合自由能,因为是用的charmm力场,所以用amber分析比较麻烦。 将拓布文件psf和轨迹文件dcd进行转换。报错如下: Error unknown flag: ubq_wb.psf 文件没有问题,不知 ...
查看全文
2109
0
0
0
分子模拟
量子调控研究
久而旧之
2018-11-28
新窗
关注量子调控的非常好的全面的介绍性资料
2033
0
0
0
分子模拟
resp的in文件问题
是一场戏
2018-11-28
新窗
我在学习利用RESP获得一组原子电荷,就是amber tutorial的A1,里面有个问题不理解,请指教。 floBF-resp run #1 &cntrl nmol=2, ihfree=1, qwt=0.0005, iqopt=2, / 1.0 floB -242 6 -1 1 -1 1 -1 1 -1 这是resp ...
查看全文
2056
3
0
0
分子模拟
MM
你是我的
2018-11-28
新窗
我用MM-PBSA做能量分解,体系中有两个小分子。算到中间就会提示: /usr/local/amber10/exe/sander -O -i sander_lig.in -o sander_lig.1.out -c ../snapshot/2OBD_lig.crd.1 -p ../aa.prmtop not successful 各 ...
查看全文
1990
0
0
0
分子模拟
如何产生amber中的NMR restrains的限制文件
半粒糖甜到傷
2018-11-28
新窗
我自己模建了一个蛋白,想用模拟退火的方法来模拟其最有可能的结构,amber中模拟退火需要产生一个限制文件。如何产生makeDIST_RST命令所需要的7列文件呢? 请高手指定!! ...
查看全文
2087
0
0
0
分子模拟
分子内四条链对齐
先生请自重
2018-11-28
新窗
一个分子内有ABCD四条链请问怎么用VMD对齐四条链啊?谢谢!
1999
2
0
0
分子模拟
Amber 如何安装
称兄道弟的男人
2018-11-28
新窗
拿到了amber10.0的安装包 在ubuntu11.4下却不会装 求助!!!!
2014
3
0
0
分子模拟
蛋白质分子动力学模拟可以投哪些杂志
我在乎你的在乎
2018-11-28
新窗
大家好,我最近做了蛋白质分子动力学模拟的工作,利用amber做模拟,然后分析轨迹得到蛋白在THz频段内的吸收谱,利用统计的分析方法在一定程度上解决了轨迹分析不收敛问题。文章改了好久(英文版),终于可以投了。但 ...
查看全文
2032
3
0
0
分子模拟
MMPBSA遇到的问题,求解
香草先生
2018-11-28
新窗
现在遇到的问题如下: log文件出现这个:snapshot_com.pdb.10 not opened 检查out文件,最后的错误提示是: PB Warning in epsbnd(): No neighbor found for boundary grids total: 244 体系比较大,有六百多个残基 ...
查看全文
1949
2
0
0
分子模拟
leap 或VMD中能否改变蛋白质分子的原子坐标
没网名用了
2018-11-28
新窗
想编辑PDB文件中的原子坐标的值。想简单的shell下用某个命令更改,但是不知道哪个合适? 自己试过 awk '/ATOM/ {print $1,....,$610,$7....$10}' 不过中间的空格不是原来的格式。 想用sed替换第六列的值,但是不知 ...
查看全文
2069
0
0
0
分子模拟
mm_pbsa中结合能的问题
没网名用了
2018-11-28
新窗
用amber9计算的mm_pbsa结合能结果总算出来了,可面对着这么多项,却不知结合能和它们之间是什么关系?怎样得出结合能?公式是什么?科研菜鸟,希望高手指教!下面是结果: # DELTA # -------------------- ...
查看全文
1980
0
0
0
分子模拟
如何产生amber中的NMR restrains的限制文件
我在乎你的在乎
2018-11-28
新窗
我自己模建了一个蛋白,想用模拟退火的方法来模拟其最有可能的结构,amber中模拟退火需要产生一个限制文件。如何产生makeDIST_RST命令所需要的7列文件呢? 请高手指点!! ...
查看全文
2055
2
0
0
分子模拟
Ubuntu 系统 Dell 4cpu 8核 openmpi编译错误
香草先生
2018-11-28
新窗
大家好,Ubuntu 系统 Dell 4cpu 8核 openmpi编译错误通不过,错误如下: checking size of Fortran 77 INTEGER*8... configure: error: Could not determine size of INTEGER*8 该怎么办? ...
查看全文
1969
0
0
0
分子模拟
求镁离子的top文件和力场文件
没网名用了
2018-11-28
新窗
请问在哪可以找到镁离子的top文件和力场文件谢谢
1994
0
0
0
分子模拟
同种蛋白不同基因型—比较ligand结合力,需要算Nmode吗??
情人总分分合合
2018-11-28
新窗
我现在做的是比较同种蛋白不同基因型(aa差别在20个氨基酸左右)跟同一种ligand 的结合力的差别,那么我在计算自由能的时候,是只用mmpbsa 呢?还是必须加上nmode算的构型熵??? ps: 差别的氨基酸只有1个在ligand ...
查看全文
2060
2
0
0
分子模拟
请大家帮忙amber使用问题
怀念你的爱
2018-11-28
新窗
我是新手,amber已经安装,我想在自己的文件夹路径下使用amber的命令,请问应该如何设置呢?看了教程里关于安装的部分,之后就可以直接调用xleap等命令了,但是在自己的路径下输入命令,会显示无效命令,迫切想知道 ...
查看全文
2109
2
0
0
分子模拟
tleap 的loadmol2出错
我笑她人看不穿
2018-11-28
新窗
我按照amber官网上的教程使用antechamber,就是按上面一步步走的,但是当使用loadmol2 命令时,tleap程序就自动关闭了。以下是我的过程: antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc ...
查看全文
1945
3
0
0
分子模拟
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
... 22
/ 22 页
下一页
选择主题分类
LAMMPS/DL_POLY
GROMACS
Amber
NAMD
DS/Sybyl/Autodock
Monte Carlo
ME/Gulp
Hyperchem
CPMD/CP2K
热点前沿问题讨论
资源
其它
版务
还可输入
80
个字符
# 高级模式 #
您需要登录后才可以发帖
登录
|
立即注册
B
Color
Image
Link
Quote
Code
Smilies
发表帖子
Archiver
|
手机版
|
小黑屋
|
极客学术
|
京ICP备16066145号-3
Powered by
Discuz!
X3.4
© 2014-2020
Comsenz Inc.
返回版块
返回顶部