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用AMBER计算季磷盐RESP电荷的问题
鸢浅情深
2018-11-27
新窗
小弟最近在用AMBER拟合季磷盐的RESP 电荷,发现无法计算,求教师兄说可能AMBER软件不认识磷元素,请问各路高手是这个原因么?紧急求教,不胜感激,如果AMBER真的不认识磷元素,求指点一个解决的办法。谢谢大家。 季 ...
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分子模拟
xmgrace 下载连接 安装
帅的要命
2018-11-27
新窗
ftp://plasma-gate.weizmann.ac.il/pub/grace/src/grace5/ tar -zxvf ./configure make make tests make install make links
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2030
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分子模拟
蛋白是否结构显示异常
玩命不玩心
2018-11-27
新窗
如图蛋白用tleap处理生成的拓扑和参数文件 在VMD显示的好难看,发现是N端NMET的氢凸出了很长的几条线,而且没有发现坐标有什么异常,是不是和我没做质子化有关啊 请问这是怎么回事呢?是我哪出错啊,真诚求教!谢谢 ...
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分子模拟
熵的计算问题
软肋是你
2018-11-27
新窗
蛋白质为含310左右的氨基酸,小分子含了一个硅原子,算出的熵800多,不知道原因出在哪里?是因为小分子含的这个Si吗?请教大家了
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分子模拟
请问在使用amber的mmpbsa时,如何设置输入文件才能输出每个...
孤痞一刀
2018-11-27
新窗
请问在使用amber的mmpbsa时,如何设置输入文件才能输出每个残基的能量数值?
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分子模拟
使用amber11,load蛋白时出现unknown element
旧人不归
2018-11-27
新窗
我在使用amber11准备蛋白的top和crd文件时,出现了下面的内容: rec=loadpdb 1g7f_pro.pdb Loading PDB file: ./1g7f_pro.pdb Added missing heavy atom: .R.A total atoms in file: 2425 Leap added 2383 missing a ...
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分子模拟
让人头疼的amber9 的安装
花尽千霜默
2018-11-27
新窗
cd cytosine; ./Run.cytosine /home/program/amber9/exe/sander.MPI: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory /home/program/amber9/exe/san ...
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分子模拟
amber9 的成功安装
花尽千霜默
2018-11-27
新窗
1,超级用户下装intel编译器-ifort ./install.sh 不必细说,有.lic的选2,没有的去邮箱注册选1 2,一般用户下环境变量: #####MPICH2##### export MPI_HOME=/home/program/mpich2 export MPICH_HOME=/home/prgram/mp ...
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分子模拟
Amber12及AmberTools12发布
浮生若梦
2018-11-27
新窗
http://talesyuan.blog.163.com/blog/static/9200460820123510302661/ 【转贴】Amber12及AmberTools12发布Amber是一款分子动力学模拟软件(同时也是著名的力场=w=),今天该软件发布了最新版本Amber12。同时,AmberT ...
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分子模拟
求助amber中蛋白跑出溶剂盒子的问题
南昔烈酒
2018-11-27
新窗
我在MD的时候设的iwrap=1,发现跑的过程中蛋白有部分跑出了溶剂盒子,请问这对结果分析有影响吗?如何才能使结构回归到盒子中心呢?
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分子模拟
求Pt原子的相关参数
身不由己
2018-11-27
新窗
求铂原子用于Autodock对接的 vdW well depth、 atomic solvation vol ume参数。
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分子模拟
AMBER11的编译已经不再支持使用“混合品牌”的编译器
七尺大乳
2018-11-27
新窗
Amber10编译可以用gcc和ifort,不一定非要都是gnu或者intel的编译器 但是从ambertools1.4开始,就已经不能再这样编译了,原因在configure时会测试mixed C/Fortran Testing mixed C/Fortran compilation: gcc-D_FILE_ ...
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分子模拟
关于amber中的cut设定
全村人的希望
2018-11-27
新窗
平时一直都是设置cut=10,有时候加10的水,有时候加12的水。 最近看教程,发现上面提到了这个截断值的设定还是有些原则的。比如说其值应该要小于所加水盒子的半径。而且如果用PME的话,推荐设定是8A。 有些不明白了 ...
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分子模拟
amber 做混合溶剂模拟
从不服输
2018-11-27
新窗
想知道怎么用混合溶剂模拟,比如蛋白质在20%的DMSO的环境中MD。gromacs可以,不知道amber中如何操作,是否要做DMSOBOX.FRCMOD文件?望指教!
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分子模拟
AMBER数据库中的文件 *.in 文件里的参数都是什么意思啊?请...
积攒一身酷
2018-11-27
新窗
AMBER数据库中的文件 *.in 文件里的参数都是什么意思啊?请高手指点。 哪里可以找到说明的文件呢?
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分子模拟
径向分布函数分析(RDF)
梦已醒心成灰
2018-11-27
新窗
我做过一个DNA模拟的体系,其中用vmd求算了P的径向分布函数,这个图是这样的,但我不知道这个图最高点达到30正常吗?有没有高手能帮我看看,小弟将不胜感激! ...
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分子模拟
amber在CentOS上基于显卡安装问题
曲终人再见
2018-11-27
新窗
系统为CentOS 6.2 ,显卡Geforce GTX680,驱动为NVIDIA-Linux-x86_64-295.49.run CUDA Toolkit 4.0Intel Compilers为 l_ccompxe_2011.9.293.tgz,l_fcompxe_2011.9.293.tgz 以上安装都没有错误,解压AMBER11与AmberT ...
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分子模拟
crd文件的体系坐标建立
天空之城
2018-11-27
新窗
不知道大家的crd文件都是怎么建立的。现在把我的方法分享给大家,同时也给自己留个备份。 比如,我要建立一个100个水分子的体系。 第一步:建立一个水分子的正确构型 我先画一个H2O的坐标。二维就可以了,也不必注意 ...
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分子模拟
转)AMBER教程8:研究案例——一种稳定蛋白质的全部原子...
情场剩女
2018-11-27
新窗
这段教程展示的是一个研究实例,像您演示如何重现下述文章中的研究工作: Simmerling, C., Strockbine, B., Roitberg, A.E., J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 11258-11259 (http://dx.doi.org/10.1021/ja0273851) 我 ...
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分子模拟
autodock如何得到好的对接结果?
素婉纤尘
2018-11-27
新窗
在对接时得到的结果显示的氢键好像有的不合理,配体中的氮原子和蛋白质中的氧原子形成了氢键,这是因为什么?请大家帮帮忙?
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