我用NAMD软件模拟小分子与酶的相互作用关系。想计算小分子与酶的结合能，听说用AMBERTOOL的SMMPBSA.py 可以计算MM-PBSA。现在已经用NAMD模拟得到轨迹文件。可是不知道接下来改怎么操作了。是不是先安装好新出的AmberTools12，然后再怎么操作呢？请大虾指点一下啊。很迷惑。谢谢

哥们,你这问题似乎问重了.