大家好:
我是gromacs新手. 在最近的学习过程中我遇到一个问题,想请教一下版上各位。
我正在学习使用gmx,然后抱着试试看的心态做了一个很简单的系统,就是一个水盒子然后里面加上一些离子。我使用了如下命令:
genbox -cs spc216.gro -p topol.top -o waterBox.gro -box 8 8 8
grompp -f minim1.mdp -c waterBox.gro -p topol.top -o Ions.tpr
genion -s Ions.tpr -p topol.top -o water-ions.gro -pname NA -nname CL -conc 1.0
到这里成功地得到了一个8*8*8的水盒子,并加入了1 mol/L浓度的NACL。接下来我试图做能量最小化的时候遇到了问题:
grompp -f minim1.mdp -c water-ions.gro -p topol.top -o EM.tpr
mdrun -v -deffnm EM
在能量最小化的过程中,mdrun报错: step xx: Water molecule starting at atom xxxx can not be settled.>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
……
Fatal error:>1 particles communicated to PME node 4 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.>This usually means that your system is not well equilibrated. 我使用的是gromacs 4.5.5, gmx.ff力场,spce water model。模型非常简单,请问大家有没有遇到过类似问题,应该怎么解决呢?多谢帮助!