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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 图形可视化

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图形可视化

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新窗

求教安装dock和pymol的问题

素婉纤尘

2019-1-3

新窗

最近导师让做分子对接，需要用到dock和autodock两种软件。我电脑是win10系统。问题是， 1. autodock vina需要下载Pymol, 然后我下的2.7.12版本，需要安个pip，我看官网的安装指导是 python pip-6.x.x-py2.py3-no ...查看全文

1343 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
有谁有Pymol的教程

情场剩女

2019-1-3

新窗

求大神们分享一下pymol的教程

1244 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
请问如何对蛋白质的两端用其他基团封端呢？

我知道你都知道

2019-1-3

新窗

我想用gromacs跑一个多条肽链的体系，但每次用-ter进行封端，对N段选择COOH，对C端选择NH2，但这样的话，跑着跑着他们都连接起来成了一条肽链了。。。我想用其他基团，比如甲氧羰基什么的，对N端进行封端，就不会让 ...查看全文

1030 1 0 0 图形可视化 [Pymol]
求助，gromacs模拟后提取的轨迹不显示二级结构

生性寡淡

2019-1-3

新窗

为啥gromacs完成模拟之后用trjconv提取的轨迹不显示二级结构，用pymol和vmd都不显示，只显示loop状，求教为啥会这样呢？拿这样我如何检查轨迹运行中的二级结构的变化呢？[/backcolor] 另外如何解读dssp图呢？为什么d ...查看全文

1165 4 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol安装软件

守一座空城

2019-1-3

新窗

求助pymol软件安装包，谢谢，win764位的

1197 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
求助：mac版的pymol 和序列比对的软件

青森叶寒

2019-1-3

新窗

求助：mac 版的pymol 和序列比对的软件（gene runner bioedit 等都可以）[/backcolor]

1167 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol 1.7软件在python的程序下于C盘安装完成，但是下载的PDB...

洒脱的像风

2019-1-3

新窗

pymol 1.7软件在python的程序下于C盘安装完成，但是下载的PDB文件直接无法打开，求助[/backcolor] 只能通过FLIE-open,在外部窗口GUI中load 也无法打开PDB文件，求助。谢谢[/backcolor] ...查看全文

1147 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
哪位大神有能用的pymol ，给我一个版本，好嘛？

孤巷里的猫

2019-1-3

新窗

哪位大神有能用的pymol ，给我一个版本，好嘛？

1107 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
怎么在pyMOL中显示蛋白的金属原子

心安伴我暖

2019-1-3

新窗

怎么在pyMOL中显示蛋白的金属原子.打开蛋白质后，显示不了金属原子，选中后也就是一个点，怎么调节金属原子的大小呢[/backcolor]查看全文

1171 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
如何用PyMol绘制羟丙基-beta-环糊精以及与药物分子的包和...

不念过去

2019-1-3

新窗

如题，刚刚接触PyMol, 什么都不知道，但是就需要这个软件画个图，只有这一次，所以就想求助一下大家，或者有哪位高手可以帮忙画一个呀？在下感激不尽！[/backcolor] ...查看全文

1171 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
在使用pymol的apbs工具是遇到问题，请求帮助，非常急

一只帅祖宗

2019-1-3

新窗

1188 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
有没有用pymol 显示过蛋白质晶体结构？

不将就

2019-1-3

新窗

如题，小弟手上现有一个蛋白质与小分子结合的蛋白质晶体，很奇怪的是，对接软件优化好后，转成pymol看，小分子的键少了两个，搞了很久都不知道原因。请求大牛帮忙？[/backcolor] ...查看全文

1287 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol软件的使用

行尸走肉

2019-1-3

新窗

怎么以stick form的形式标出一个蛋白中的一个氨基酸[/backcolor] 以及怎么测量两个原子之间的距离[/backcolor] 还有怎么测量两个蛋白盐桥之间的距[/backcolor]离 ...查看全文

1137 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
求助用pymol画多肽三维结构

小花骨朵

2019-1-3

新窗

各位有没有知道怎么根据多肽的序列，用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型，（用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以？我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列，不知道名字，这种 ...查看全文

1403 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
求助PYMOL使用防范

她不美

2019-1-3

新窗

我下载安装pymol了，可是显示的界面和说明文档中不一样，输入蛋白质名称也显示不出来，请问各位大神解答一下，感激不尽![/backcolor]查看全文

1124 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
Gold对接，配体中出现不明原子，求debug

心软脾气硬

2019-1-3

新窗

我将蛋白质结晶中的配体抠出来，加氢，构象经过处理后接回蛋白质中。用不同的蛋白-配体复合物共对接了两次，用pymol和Discovery studio观察最终生成的结果文件，均发现羰基和羧基等处氧原子处多了2个不明（Unknown） ...查看全文

1228 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
Gromacs中，小分子力场的生成

為愛停留

2019-1-3

新窗

大家好，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs ...查看全文

1367 7 0 0 图形可视化 [Pymol]
Pymol 命令求助

爱情废柴

2019-1-3

新窗

想用PYMOL做一张蛋白的图，目前蛋白分AB两条链，想用select命令选择B链n位的残基，但是目前选出来的是AB两条链的n位残基[/backcolor]查看全文

1154 1 0 0 图形可视化 [Pymol]
Pymol的作图技巧

墨染殇雪

2019-1-3

新窗

求pymol的高手，可以私聊，做好图了之后有答谢的哦。[/backcolor] 其实软件也熟悉的差不多了，就是感觉某地方或者模块没有了解，做不出想要的效果。[/backcolor] ...查看全文

1270 4 0 0 图形可视化 [Pymol]
请问怎样得到watertip3p.pdb文件，请大神指教

今夜良人归不归

2019-1-3

新窗

我想用pymol生成初始模拟结构，现在需要watertip3p.pdb文件，请指教。

1141 0 0 0 图形可视化 [Pymol]

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