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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 图形可视化

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图形可视化

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新窗

Pymol里怎么删除两个原子之间的键啊，万分感谢！！！

一念天堂

2019-1-3

新窗

如题，谢谢了

1221 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
安装autodock的pymol插件的详细方法

饿货不傻

2019-1-3

新窗

说在前面的话：[/backcolor] 1. 如果你的电脑是Win10而且是64位的，建议你装个VMware虚拟机，虚拟个XP系统，对于最近几年的电脑来说几乎不会拖慢电脑速度。本虫是10年的电脑，开虚拟机依然流畅。为啥建议拖个XP呢？M ...查看全文

1147 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
请问谁有pyMol教程和网页版docking教程？

帅的要命

2019-1-3

新窗

请问大家接触到新的软件去哪里找教程呢？哪个网站比较好用[/backcolor]

1163 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol

鸢浅情深

2019-1-3

新窗

求大神指一二，下面的问题急需解答！怎样查找某个蛋白的某种氨基酸；找出所有氢键等等查看全文

1178 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
关于APBS计算结合自由能的问题

孤痞一刀

2019-1-3

新窗

本人一新手，想计算抗原抗体的结合自由能。想采用APBS进行计算，但是官网上的关于binding energy的教学我不是很懂。其中有一点是用APBS的coulomb这个插件进行计算，我想问使用什么样的软件可以调用这个插件？之前我 ...查看全文

1189 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
对接结果疏水力显示软件

旧人不归

2019-1-3

新窗

autodock对接结果，pymol和DS无法显示疏水力，使用ligplot作图，发现很多典型的亲水氨基酸如asp arg 也会形成较强疏水作用，是否能根据软件给出的结果做出小分子配体能与asp arg产生疏水作用？[/backcolor] ...查看全文

1275 5 0 0 图形可视化 [Pymol]
Pymol在选择Ca时 defined with 0 atoms.”怎么办呢？

软肋是你

2019-1-3

新窗

Pymol在选择Ca时“select carbon, name ca”总显示“Selector: selection "carbon" defined with 0 atoms.”怎么办呢？查看全文

1298 5 0 0 图形可视化 [Pymol]
怎么在Pymol中选择蛋白质的修饰残基，命令是什么啊？望大...

花尽千霜默

2019-1-3

新窗

怎么在Pymol中选择蛋白质的修饰残基，命令是什么啊？望大神帮帮忙哈！

1237 5 0 0 图形可视化 [Pymol]
Pymol做分子对接

烟花易冷

2019-1-3

新窗

有谁晓得Pymol做分子对接呀，软件是有了，但是不懂得怎么操作，有没有中文的使用教程或者视频可以分享一下呢[/backcolor]查看全文

1272 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
蛋白二级结构

风轻扬夏未央

2019-1-3

新窗

用pymol怎么标注二硫键？

1139 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol只显示viewer窗口，不显示外部窗口

浮生若梦

2019-1-3

新窗

如题，win 10 64位，pymol只显示viewer窗口，求解。不知道是不是因为这个版本就是这样，求好用的pymol安装包[/backcolor]查看全文

1217 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
用sybyl对接后，用pymol导入蛋白和配体时，导入优化后的蛋...

身不由己

2019-1-3

新窗

请问，用sybyl对接后，用pymol导入蛋白和配体时，导入优化后的蛋白还是PDB网站下载的蛋白，进行画图？谢谢！我对接的是1ysw蛋白，不知为什么pymol打不开优化后的蛋白，显示bad substructure id，请大神们帮助！[/ba ...查看全文

1202 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol软件如何显示全部发挥作用的氨基酸？

七尺大乳

2019-1-3

新窗

将分子对接结果导入pymol中，想显示全部发挥作用的氨基酸，看了好多资料，好像要设置preset，不知道具体如何操作才可以！请各位大神帮帮忙！查看全文

1143 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
请问为什么用pymol打不开优化后的PDB:1ysw蛋白分子？显示如...

南昔烈酒

2019-1-3

新窗

ReadMOL2File-Error: bad substructure id[/backcolor] 而可以打开其他蛋白晶体[/backcolor]

1103 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
新手求pymol入门方法

从不服输

2019-1-3

新窗

如题，之前从未接触过，现在想学却不知从何下手，而且对软件程序这行东西很木讷[/backcolor]查看全文

1236 4 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol使用

积攒一身酷

2019-1-3

新窗

pymol的使用：鄙人小白，最近学习pymol，打开一个pdb文件，经过修改后，想保存为pbd文件，但用pymol不知怎样保存该pbd格式，求大神教授。谢谢查看全文

1175 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol使用有点问题

全村人的希望

2019-1-3

新窗

pymol中显示不出残基，该怎么解决呀[/backcolor]

1123 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
谁能给个pymol的安装包，资源里的下了安不成。

曲终人再见

2019-1-3

新窗

rt

1270 5 0 0 图形可视化 [Pymol]
关于使用pymol进行蛋白同源建模

天空之城

2019-1-3

新窗

使用pymol进行预测蛋白和模板蛋白的模型对比，要标注出活性位点吗，已知的模板蛋白如何确定活性中心？最近快被pymol整疯了…希望和更多小伙伴交流… ...查看全文

1208 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？

梦已醒心成灰

2019-1-3

新窗

哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢？刚开始做分子动力学模拟，本科生小白，希望得到大家帮助[/backcolor] ...查看全文

1221 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

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