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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 图形可视化

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图形可视化

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新窗

如何安装pymol软件

听风暖

2019-1-3

新窗

具体如何操作[/backcolor]

1143 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
请问有没有pymol类的软件可以显示蛋白质受体和配体之间的...

戎马书生

2019-1-3

新窗

Pymol只能显示电荷和氢键，不能显示和疏水作用，有什么软件或者什么方法能显示疏水作用吗？还有pymol的电荷和氢键可以用不同颜色的虚线显示吗？或者是区分出来就行～ ...查看全文

1266 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol怎么下载？求助

滴墨成殇

2019-1-3

新窗

pymol求下载安装。[/backcolor]

1010 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
蛋白大分子在加工过程中结构变化模拟

心尖上的刺青

2019-1-3

新窗

各位好，我想模拟蛋白大分子在加工过程中的结构变化，由于该蛋白结构至今没有完全解析，所以我想模拟部分片段的变化情况。已知的条件有蛋白二级结构，聚集情况，表面疏水基团等，再用modeller和pymol时发现并不能按 ...查看全文

1106 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
请教一个关于pymol软件的问题

顾我安稳

2019-1-3

新窗

各位大神，请教一个关于pymol软件的问题。我在目的残基上标记出了polar contacts，但是，如何能显示出与目的残基有polar contacts的其它残基呢？我原来做过，可惜时间长忘记了（我记得不是一个个手工找的）。感谢 ...查看全文

1111 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol还是免费软件吗？貌似官网上的在收费了

許你一世溫柔

2019-1-3

新窗

1125 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
Vina对接的结果如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便...

空城依旧

2019-1-3

新窗

Autodock 4对接的结果(输出文件格式为xxx.dlg)可以用write complex功能与目标蛋白分子一起存成一个pdbqt文件，但Vina对接的结果（输出文件格式为xxx_vina.pdbqt）无法使用conformation里的write complex功能，那么该 ...查看全文

1254 5 0 0 图形可视化 [Pymol]
小白求助PDB中将蛋白与配体分开

貪戀妳的溫柔

2019-1-3

新窗

看了之前各位前辈的方法，尝试了以下：[/backcolor] 1、首先试了用写字板打开PDB文件，然后删除HETATM内容，得到的蛋白在Autodock里打开，在加水分子这一步就显示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看对 ...查看全文

1302 7 0 0 图形可视化 [Pymol]
MOE无法下载PDB数据问题

画成描眉

2019-1-3

新窗

各位术友，最近moe软件打开pdb数据库总是下载不了pdb文件（但是列表中能显示，说明网络连接没问题啊），显示的报错信息是：the following entry failed to download: XXXX(pdb代码），卸载了重新安装也不行，每次都 ...查看全文

1129 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol大神留下

暴走的短腿猫

2019-1-3

新窗

最近在学习一款软件叫pymol,全英文！都不知道怎么操作！有木有教程或者经验分享啊！[/backcolor]查看全文

1218 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
如何用pymol分析并得到蛋白突变后的结构

离别伊人憔

2019-1-3

新窗

各位大侠好，我是做蛋白定点突变的，已经突变了几个位点，想进一步分析一下这些突变是否造成蛋白结构的改变，突变前和突变后结构有何变化。但是我们实验室没有人做过结构这方面的东西，看了文献，有人用pymol分析， ...查看全文

1160 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
PYMOL软件里面怎么计算两个芳香环之间的距离

鸢尾

2019-1-3

新窗

急急急，文章里面需要做这个图，奈何这个地方始终没整好。有谁知道这个问题怎么解决吗？感激不尽查看全文

1222 1 0 0 图形可视化 [Pymol]
求教：pharm mapper怎么提交不上去

浪者不回头

2019-1-3

新窗

因为课题内容需要，想用化合物反向对接一下，探索一下有无新的靶蛋白，但我用chemdraw,画完3D结构以后，又用pymol存的mol2格式，怎么submit第二步选完就提交不上，进行不下去？？？第一次用求大神指教?，谢谢[/backc ...查看全文

1255 5 0 0 图形可视化 [Pymol]
PYMOL

眉间点砂

2019-1-3

新窗

哪个大神可以给一个PYMOL的安装包呀[/backcolor]

1103 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol怎么给螺旋和折叠命名

假装无所谓

2019-1-3

新窗

pymol怎么给螺旋和折叠命名，螺旋从N端开始按照a1,a2,a3。。。,折叠从N端开始，从b1,b2,b3。。。。查看全文

1177 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
pdb文件怎么读残基数..应该用什么软件计算比较简单呢

无人像你

2019-1-3

新窗

刚刚接触pymol，一头雾水_(:з」∠)_[/backcolor]

1083 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
使用Pymol处理了分子对接后的图，但是学校未购买软件

素年未逝

2019-1-3

新窗

使用Pymol处理了分子对接后的图，但是学校未购买软件，发文章可以用吗？求助。。[/backcolor] 如果不能用，那要通过那种方式解决呢？[/backcolor]查看全文

1308 6 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol

南风知我意

2019-1-3

新窗

求蛋白质二级结构预测的pymol安装包以及步骤，急啊，帮帮忙哈，谢谢大家

1185 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol 旋转

把刀藏进衣袖

2019-1-3

新窗

怎样用pymol旋转蛋白的某一段，保持序列不变[/backcolor]

1121 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol使用求助

一婊人才

2019-1-3

新窗

在pymol中，氨基酸的label被氨基酸挡住，怎么移动label让它不被挡住呢[/backcolor]

1134 2 0 0 图形可视化 [Pymol]

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