极客学术 -

2018-12-17

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为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。[/backcolor]基本要求：[/backcolor] [/backcolor]1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人；[/backcolor] [ ...查看全文

3607 1 0 0 版主招聘，申请及离职

发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

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帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

3340 0 0 0 版主招聘，申请及离职

极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

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论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

3077 0 0 0 版主招聘，申请及离职

Pymol的作图技巧

墨染殇雪

2019-1-3

新窗

求pymol的高手，可以私聊，做好图了之后有答谢的哦。[/backcolor] 其实软件也熟悉的差不多了，就是感觉某地方或者模块没有了解，做不出想要的效果。[/backcolor] ...查看全文

1270 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

Gromacs中，小分子力场的生成

為愛停留

2019-1-3

新窗

大家好，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs ...查看全文

1367 7 0 0 图形可视化 [Pymol]

求助用pymol画多肽三维结构

小花骨朵

2019-1-3

新窗

各位有没有知道怎么根据多肽的序列，用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型，（用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以？我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列，不知道名字，这种 ...查看全文

1403 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

有没有用pymol 显示过蛋白质晶体结构？

不将就

2019-1-3

新窗

如题，小弟手上现有一个蛋白质与小分子结合的蛋白质晶体，很奇怪的是，对接软件优化好后，转成pymol看，小分子的键少了两个，搞了很久都不知道原因。请求大牛帮忙？[/backcolor] ...查看全文

1287 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

pymol安装软件

守一座空城

2019-1-3

新窗

求助pymol软件安装包，谢谢，win764位的

1197 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？

梦已醒心成灰

2019-1-3

新窗

哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么？可以识别么？为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢？刚开始做分子动力学模拟，本科生小白，希望得到大家帮助[/backcolor] ...查看全文

1221 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

关于使用pymol进行蛋白同源建模

天空之城

2019-1-3

新窗

使用pymol进行预测蛋白和模板蛋白的模型对比，要标注出活性位点吗，已知的模板蛋白如何确定活性中心？最近快被pymol整疯了…希望和更多小伙伴交流… ...查看全文

1208 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

谁能给个pymol的安装包，资源里的下了安不成。

曲终人再见

2019-1-3

新窗

rt

1270 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

新手求pymol入门方法

从不服输

2019-1-3

新窗

如题，之前从未接触过，现在想学却不知从何下手，而且对软件程序这行东西很木讷[/backcolor]查看全文

1236 4 0 0 图形可视化 [Pymol]

Pymol做分子对接

烟花易冷

2019-1-3

新窗

有谁晓得Pymol做分子对接呀，软件是有了，但是不懂得怎么操作，有没有中文的使用教程或者视频可以分享一下呢[/backcolor]查看全文

1272 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

对接结果疏水力显示软件

旧人不归

2019-1-3

新窗

autodock对接结果，pymol和DS无法显示疏水力，使用ligplot作图，发现很多典型的亲水氨基酸如asp arg 也会形成较强疏水作用，是否能根据软件给出的结果做出小分子配体能与asp arg产生疏水作用？[/backcolor] ...查看全文

1275 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

pymol

鸢浅情深

2019-1-3

新窗

求大神指一二，下面的问题急需解答！怎样查找某个蛋白的某种氨基酸；找出所有氢键等等查看全文

1178 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

使用Pymol处理了分子对接后的图，但是学校未购买软件

素年未逝

2019-1-3

新窗

使用Pymol处理了分子对接后的图，但是学校未购买软件，发文章可以用吗？求助。。[/backcolor] 如果不能用，那要通过那种方式解决呢？[/backcolor]查看全文

1308 6 0 0 图形可视化 [Pymol]

求教：pharm mapper怎么提交不上去

浪者不回头

2019-1-3

新窗

因为课题内容需要，想用化合物反向对接一下，探索一下有无新的靶蛋白，但我用chemdraw,画完3D结构以后，又用pymol存的mol2格式，怎么submit第二步选完就提交不上，进行不下去？？？第一次用求大神指教?，谢谢[/backc ...查看全文

1255 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

如何用pymol分析并得到蛋白突变后的结构

离别伊人憔

2019-1-3

新窗

各位大侠好，我是做蛋白定点突变的，已经突变了几个位点，想进一步分析一下这些突变是否造成蛋白结构的改变，突变前和突变后结构有何变化。但是我们实验室没有人做过结构这方面的东西，看了文献，有人用pymol分析， ...查看全文

1160 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

pymol大神留下

暴走的短腿猫

2019-1-3

新窗

最近在学习一款软件叫pymol,全英文！都不知道怎么操作！有木有教程或者经验分享啊！[/backcolor]查看全文

1218 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

小白求助PDB中将蛋白与配体分开

貪戀妳的溫柔

2019-1-3

新窗

看了之前各位前辈的方法，尝试了以下：[/backcolor] 1、首先试了用写字板打开PDB文件，然后删除HETATM内容，得到的蛋白在Autodock里打开，在加水分子这一步就显示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看对 ...查看全文

1302 7 0 0 图形可视化 [Pymol]

Vina对接的结果如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便...

空城依旧

2019-1-3

新窗

Autodock 4对接的结果(输出文件格式为xxx.dlg)可以用write complex功能与目标蛋白分子一起存成一个pdbqt文件，但Vina对接的结果（输出文件格式为xxx_vina.pdbqt）无法使用conformation里的write complex功能，那么该 ...查看全文

1254 5 0 0 图形可视化 [Pymol]

pymol还是免费软件吗？貌似官网上的在收费了

許你一世溫柔

2019-1-3

新窗

1125 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

请问有没有pymol类的软件可以显示蛋白质受体和配体之间的...

戎马书生

2019-1-3

新窗

Pymol只能显示电荷和氢键，不能显示和疏水作用，有什么软件或者什么方法能显示疏水作用吗？还有pymol的电荷和氢键可以用不同颜色的虚线显示吗？或者是区分出来就行～ ...查看全文

1266 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

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