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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

amber 两个分子间 ELE 和VDW的分析

北城以念

2018-11-27

新窗

在跑完MD后，怎么用amber 11 分析两个分子间（protein 和ligand） ELE 和VDW，以前amber 8 都是用anal 组件分析，现在不知道怎么分析？轨迹文件里的ELE 和VDW包括了分子内的VDW（分子内各个原子之间的vdw相互作用） ...查看全文

942 2 0 0 分子模拟
Qsite program这是什么程序

因帅入狱

2018-11-27

新窗

我在一篇名为《Substrate diffusion and oxidation in GMC oxidoreductases: An experimental and computational study on fungal aryl-alcohol oxidase》的文献上看到，别人做qm/mm用的是Qsite program，这是个什 ...查看全文

844 2 0 0 分子模拟
关于amber版权

予我心安

2018-11-27

新窗

请问正式申请的免费amber10，能够用于发表论文吗？[/backcolor]

1101 2 0 0 分子模拟
一个有关AMBER中makeDIST_RST的问题

浅眠未安

2018-11-27

新窗

各位大大好，对于AMBER我是一个新手，最近开始用AMBER做小分子的模拟，下面是我碰到的问题，请高人指点。另外有没有哪位有完整的小分子模拟的例子，先谢谢了. [quin MLU2109_CDCl3]$ makeDIST_RST -upb MLU2109.upb ...查看全文

888 3 0 0 分子模拟
弱弱的问一下，大家都是怎么安装amber的啊，是不是都要付...

情感通缉犯

2018-11-27

新窗

我去amber的官网上看说要400刀呢，大家都是怎么安装的呀？还有我的系统是win7的，这个能安装起来么？[/backcolor]查看全文

847 2 0 0 分子模拟
如何得到Zn配合物的resp电荷

云卷云舒

2018-11-27

新窗

目前在做Zn配合物与DNA的作用，用Gaussian算完得到的out文件，在amber中用antechamber进行resp拟合，得到如下错误：[/backcolor] “For atom[75]:Zn1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are f ...查看全文

837 0 0 0 分子模拟
用amber算出的结合能趋势和实验值不符

薄荷味的猫

2018-11-27

新窗

先用sybyl做了同一个小分子对不同物种的同一蛋白质的对接（该类蛋白质含有一个zn离子），然后用amber跑了4ns，稳定后，算了结合能。可是算出的结合能趋势和实验值不符。想请教大家可能的原因有哪些？谢谢大家了！ ...查看全文

859 4 0 0 分子模拟
关于amber熵变计算

一身傲娇味儿

2018-11-27

新窗

由于我的体系过大有460多个残基所以熵变我想计算配体周围10埃范围内的熵变请问各位如何实施谢谢！！！[/backcolor]查看全文

885 4 0 0 分子模拟
关于rmsd过大！

梦里清欢长

2018-11-27

新窗

各位坛友，关于用amber模拟dna，我在模拟过程中发现了rmsd甚至能到达10，不知道这个是否正常？rmsd过大就一定不稳定容易解体吗？[/backcolor]查看全文

834 2 0 0 分子模拟
做Nmode时，如何实现缩小所考虑体系

听闻余生

2018-11-27

新窗

对于包含300 residues 左右的复合物体系，要计算熵，直接计算太耗时，看到有这样的做法：只考虑小分子周围10 angstrom 范围所包括的residues 我想请问具体是怎样操作的？有什么命令可以实现？非常感谢 ...查看全文

1017 3 0 0 分子模拟
分子动力学如何设定两构象的初始距离

迷人的混蛋

2018-11-27

新窗

我要走的是碳纳米管和蛋白之间相互作用的分子动力学。[/backcolor] 我看到文献上说的，一般设定二者中心距离为8A，然后开始模拟，观察距离及构象的变化等等[/backcolor] 我想知道，这个距离在什么地方可以设置？怎么 ...查看全文

849 0 0 0 分子模拟
求助，pdb文件

凉城温酒

2018-11-27

新窗

谁有全原子模型的算例啊？我想用gromacs模拟一个全原子算例，使用约束算法LINCS。谁有大一点的算例？最好是蛋白质原子上万的。多谢啊。[/backcolor]查看全文

830 1 0 0 分子模拟
ligplot遇到的问题

感情废物

2018-11-27

新窗

为啥我药物分子上的溴原子在ligplot生成的pdf文件中显示不出来，请高手指教，谢谢~~~

871 0 0 0 分子模拟
求助

爺们狠有范

2018-11-27

新窗

请问谁用Ligplot分析过疏水作用随时间变化的图~~~谢谢[/backcolor]

839 0 0 0 分子模拟
在模拟中如何使模拟起点得到不同的起始初速度

非洲小白脸

2018-11-27

新窗

我是在进行Targeted MD，为了说明速度对模拟结果没有影响，需要模拟起点使用不同的起始速度，但是如何达到这个不同的起始速度呢？希望各位大虾有知道的解答一下！[/backcolor] ...查看全文

998 2 0 0 分子模拟
隐式溶剂模型需要加抗衡离子吗？cut值设多少合适？

他是命却似梦

2018-11-27

新窗

隐式溶剂模型需要加抗衡离子吗？cut值设多少合适？

798 3 0 0 分子模拟
Amber for Membrane protein?

戎马书生

2018-11-27

新窗

看了论坛上的集中软件的比较，发现一点有趣的现象。[/backcolor] 我是做膜蛋白的，想用amber，可是看来看去用amber 的人很少讨论到膜蛋白。倒是GMX和NAMD那里很多关于膜蛋白的帖子。[/backcolor] 这是何解？请高人指 ...查看全文

848 0 0 0 分子模拟
带结晶水的复合物mmpbsa应该怎么算？

听风暖

2018-11-27

新窗

我做得体系是蛋白质和配体，还含有一些结晶水，在进行mmpbsa 结合能计算时，结晶水参与计算吗，如果参与计算是和受体一起保存成.prmtop文件吗？计算熵时结晶水需要参与计算吗？谢谢！[/backcolor] PREFIXsnapshot[/b ...查看全文

823 4 0 0 分子模拟
如何添加尿素溶液的盒子？

命里缺你

2018-11-27

新窗

本人刚学amber，如何添加一个尿素溶液的盒子，谢了。

811 0 0 0 分子模拟
求助Glycam力场数据包？？

心尖上的刺青

2018-11-27

新窗

求Amber系列力场中的Glycam力场，谁有？？给我传一份拷贝？？万分感激！！我的邮箱：[/backcolor]查看全文

971 0 0 0 分子模拟

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