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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

如何实时输出特定区域内所有原子的温度和压力？

过客谁是谁

2018-11-19

新窗

下图是我模拟的问题：两侧是固壁，中间是气体原子。我想把体系划分成5个区域（下图中6条白色的线条之间的部分），然后在模拟的过程中实时输出每一部分内所有原子在每个时刻的温度和压力。但由于模拟的物质是气体， ...查看全文

965 6 0 0 分子模拟
关于LAMMPS建立BOX的问题

都是带着浅笑的

2018-11-19

新窗

在lammps自带的in.shear输入文件中，为什么要建立3个box? ceeat_box 3?[/backcolor]

855 2 0 0 分子模拟
fix move linear 与 velocity set command 设定速度的区别

随遇而安

2018-11-19

新窗

看了看手册，感觉这两个都可以设定速度，比如说我要设定group里的原子沿着Z轴以一定的速度移动: fix 1 11 move linear 0.0 0.0 2.0 units box 和velocity 11 set 0.0 0.0 2.0 units box ,这两者有什么区别呢？又看 ...查看全文

938 2 0 0 分子模拟
个人发现windows lammps版本，smpd密码输入问题。

我有的唯有忍耐

2018-11-19

新窗

求助牛人，[/backcolor] 我最近打算在我笔记本上安装lammps（windows版本）。装好之后运行cmd，显示需要输入smpd密码。照manual上说明，按任意键之后，却显示“由于目标计算机积极拒绝，无法连接”。这是怎么回事。[ ...查看全文

902 3 0 0 分子模拟
fix phonon 里的mapfile

sherry

2018-11-19

新窗

lammps里刚刚不久添加了fix phonon命令。这个code主要是上海交大的孔老师写的。里面有很好的例子。鄙人现在有个问题不是很清楚。在计算fix phonon时需要mapfile 如果是晶体的话直接可以利用code处理模拟模型以及map ...查看全文

976 5 0 0 分子模拟
lammps 模拟水分子求助

chole

2018-11-19

新窗

用的是 msi2lmp ，cvff力场，几百个水分子，但是为什么到最后总显示其中一个水的H 跟另一个水的O 粘在一起了？[/backcolor] ERROR on proc 41: Bond atoms 121 122 missing on proc 41 at step 6538 (../neigh_bon ...查看全文

855 4 0 0 分子模拟
fix局部静电场【代码修改

grace

2018-11-19

新窗

命令语法：【其他和fix efield相同】[/backcolor] fix IDgroup-IDefield2exeyezxleftxrightyleftyrightzleftzright[/backcolor] 在由xleft xright yleft yright zleft zright的长方体空间中加一个静电场，代码修改于 ...查看全文

861 3 0 0 分子模拟
SPC水分子模型，求密度有些许问题

ashley

2018-11-19

新窗

RT，我用MS建立了一个6000分子的SPC水分子模型。但是得到的在293K的密度总是0.96这样，距离实际值或者SPC水分子的实验值都有0.2～0.3的差距（虽然看上去不算大，不过这没关系吗？）我想知道这是什么导致的，density ...查看全文

875 5 0 0 分子模拟
lattice fcc 4.05 orient x 0 3 1 orient y 0

alice

2018-11-19

新窗

lattice fcc 4.05 Lattice spacing in x,y,z = 4.05 4.05 4.05region whole block 0.000000 12.807225 -64.0361225 64.0361225 0.000000 4.050000 units box create_box 2 whole Created orthogonal box = (0 -64.03 ...查看全文

929 6 0 0 分子模拟
lammps采用EMD算水的热导率准吗？

Catherine

2018-11-19

新窗

lammps采用平衡分子动力学算水的热导率准确吗？我听说lammps中算热流的时候没有将长程作用包含到相应的程序包里。是这样吗？我刚接触lammps希望有知道的朋友给解释一下，在此多谢了!!![/backcolor] ...查看全文

857 3 0 0 分子模拟
旋转晶界模型的建立方法集和

PRICE

2018-11-19

新窗

symmetric tilt grain boundary建模，其实就是建立一个bicrystal模型，除了普遍采用的lattice orient命令建双晶模型外，还有没有别的建模方法呢？比如说rotate命令可以吗？ ...查看全文

903 4 0 0 分子模拟
势函数里的截断半径和什么有关

Decadent

2018-11-19

新窗

我要写的势函数模拟的是Ni在熔点附近的线性集体运动，知道势函数结构。也知道所用势函数方程的具体形式，和没项所表示的意义。存在问题1.不知道势函数描述原子势的原理[/backcolor] 2.势函数了里面Nr，Nrho值怎么取 ...查看全文

918 6 0 0 分子模拟
纳米压痕方面

alira

2018-11-19

新窗

本人初学lammps，打算做纳米压痕方面，最近就一个例子自己改了一下，发现了很多问题，请各路大神途径此地帮忙解决，不胜感激！1.半圆形压头怎么看起来不圆、[/backcolor] 2.想要得到固定边界层原子和恒温层原子，但 ...查看全文

907 2 0 0 分子模拟
LAMMPS并行计算丢失原子与串行则不会

要疼你一辈子

2018-11-19

新窗

本人ubuntu11.10的64位版，并行的lammps计算一个二氧化硅体系在高温下会丢失原子，而用串行计算则不会。请问各位大大，什么情况下会出现这种奇怪的现象，或者怎么样才能避免这种情况的发生啊？ ...查看全文

879 4 0 0 分子模拟
位错 in文件

不怕世界末日

2018-11-19

新窗

大家好，请问有没有做位错的，可否分享一下关于位错的in文件？[/backcolor]

854 4 0 0 分子模拟
LAMMPS的数据处理问题

独占你的爱

2018-11-19

新窗

刚接触lammps不到一个月，对于建模，根据manual是有很多前期，后期处理tools。像lmp2arc lmp2md lmp2cfg msi2lmp ch2lmp 之类！我想大部分人常用msi2lmp，利用material studio 建模转为lammps可读文件！但是我用它 ...查看全文

891 5 0 0 分子模拟
EMD计算水的热导率

我的爱只是你

2018-11-19

新窗

我采用键长建角可变的SPC水模型计算水的热导率，用fix ID group-ID ave/correlate Nevery Nrepeat Nfreq value命令计算热流相关函数，在其他条件不变的情况下，改变Nevery Nrepeat Nfreq的值，算出来的热导率就相差 ...查看全文

899 6 0 0 分子模拟
体系中的点缺陷数目

你是我的

2018-11-19

新窗

之前通过计算空位和间隙原子的形成能，然后通过公式计算空位浓度。[/backcolor] 不知道Lammps里是否有命令直接统计计算体系中的点缺陷数目呢？文献中提到计算点缺陷的方法是：如果点阵位置没有原子，则为空位缺陷； ...查看全文

874 6 0 0 分子模拟
怎样用LAMMPS 计算碳化硅增强体铝基复合材料界面的热导率...

久而旧之

2018-11-19

新窗

如果已经建立好模型，还需要什么东西啊！[/backcolor]

871 4 0 0 分子模拟
To sika3的短消息:msi2lmp工具的使用问题！

是一场戏

2018-11-19

新窗

不好意思可以请问你，MS导出的car和 mdf 文件转换为lammps的data文件，在msi2lmp中的例子你的过程如何执行的?? 答：首先建议请先阅读msi2lmp中的README文件，readme文件中对该工具的使用已经说明的比较清楚了。如果 ...查看全文

886 3 0 0 分子模拟

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