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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

gromacs能混用两种力场不?

怀念你的爱

2018-11-23

新窗

我做的模拟中有2种物质，分别的立场参数都找到了，但是却不是同一种力场，将其中一种改为另一种又觉得难度太大了，不懂哪位高手知道gromacs能混用两种力场吗？怎么个混用法？急啊！[/backcolor] 谢谢大家先！[/backc ...查看全文

1026 7 0 0 分子模拟
关于力场amoeba09.prm问题

我笑她人看不穿

2018-11-23

新窗

关于力场amoeba09.prm问题 atom 1 1 He "Helium Atom He" 2 4.003 0最后一列是什么意思？ bond 100101 467.60 1.0300 angle 26 25 26 39.57 109.47 torsion 40 40 56 53 0.660 0.0 1-0.456 180. ...查看全文

850 0 0 0 分子模拟
gromacs计算时中途暂停，产生了很多的step文件，求解答

自欺欺人

2018-11-23

新窗

Warning: 1-4 interaction between 1791 and 1794 at distance 1.010 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm[/backcolor] These are ignored for the rest of the simulation[/backcolor] This usually ...查看全文

1010 3 0 0 分子模拟
关于氢键作用能和疏水作用能

你浓我浓的梦

2018-11-23

新窗

我的配体小分子和蛋白质之间即存在氢键作用，又存在疏水作用，我想定量的比较一下上述两种作用能的大小，请问用什么方法或软件可以实现？[/backcolor] 请高人指点，谢谢！[/backcolor] ...查看全文

971 3 0 0 分子模拟
Gromacs

没有桃子的阿狸

2018-11-23

新窗

昨天晚上断电，Gromacs算到半程，今天使用tpbconv 命令来续点md。设置如下： tpbconv -s md.tpr -f md.trr -e md.edr -o md2.tpr 然后用md2.tpr运行mdrun： mdrun -s md2.tpr -o md2.trr -c xx_md2.pdb -e md2.edr ...查看全文

796 2 0 0 分子模拟
关于gpu的gromacs

不给爷笑

2018-11-23

新窗

最近尝试了一下安装gromacs4.6版本，但到了make阶段出现了错误，进行不下去了，也不知道怎么解决，不知道哪位童鞋能够帮忙看一下，谢谢~~[/backcolor] 我是有安装gpu的，在cmake阶段gpu=on，也没报错。安装的cuda是5 ...查看全文

1026 7 0 0 分子模拟
gromacs第一步提示我找不到氢

失之永失

2018-11-23

新窗

原话是这么说的：[/backcolor] Atom HA in residue ARG 45 was not found in rtp entry ARG with 19 atoms while sorting atoms.[/backcolor] 不论我用什么方法处理蛋白都是一样的。可是我已经给加过氢了，而且加的 ...查看全文

878 0 0 0 分子模拟
一本书，分享给gromacs的初学者

迩若不离

2018-11-23

新窗

找到一本书，分享给像我一样的gromacs初学者，希望和大家一起进步。由于书特别大，所以放到了以下邮箱中，请自己下载4个压缩分卷，并不要改动密码，谢谢。 gxjnewbook@yahoo.com.cn 密码：book132546 ...查看全文

1089 6 0 0 分子模拟
VMD怎么运行脚本

纠缠纠葛

2018-11-23

新窗

请问vmd怎么运行脚本啊，比如我写了个tt.tcl的脚本，怎么运行啊，是在命令窗口直接打tt吗？我ls后看到tt.tcl只有rw权限，没有x权限，是不是这个导致的，用什么命令改权限？[/backcolor] ...查看全文

989 3 0 0 分子模拟
Gromacs 求助

对对碰

2018-11-23

新窗

近日初用Gromacs计算16个咪唑分子，在做cg时出现F-NORM=-nan问题，得到的confout.gro文件坐标都是nan，相关文件放在附件中，望各位帮助解决，谢谢。[/backcolor] ...查看全文

867 2 0 0 分子模拟
请问大佬们gro文件和pdb文件有什么区别呢？gromacs里

不分手的恋爱

2018-11-23

新窗

gromacs http://www.hdpaii.com/h-col-105.html

878 0 0 0 分子模拟
纳米流体建模的疑问

啸珉

2018-11-19

新窗

在MS或者VMD这些软件中建模的时候，先建立的基液模型，导入到lammps中计算后In文件无误，然后加入纳米颗粒时是直接另外建立一个模型，然后导出其坐标文件放在一起吗？这样会不会出现原子重叠的情况，或者溢出边界的 ...查看全文

989 4 0 0 分子模拟
lammps 新手

封神

2018-11-19

新窗

大家好：我刚接触lammps，再看手册，可发现很多都看不懂，请过来人给些经验，而且有没有一些金属如钢方面的计算案例，以供观摩，谢谢大家，感激不尽。[/backcolor] ...查看全文

978 3 0 0 分子模拟
关于得到的virial应力使用问题，希望大家能帮忙

血舞

2018-11-19

新窗

小弟在用lammps模拟石墨烯拉伸计算得到的应力，由于之前论坛上的很多前辈对这个应力有很多讨论，所以我对这个应力值不敢完全确信。我的问题如下，石墨烯拉伸如图，那么是不是算得的所有原子应力沿y方向的应力加和（ ...查看全文

924 3 0 0 分子模拟
文献中势函数编写

小楼夜听雨

2018-11-19

新窗

关于Bi2Te3的势函数，文献中用的是GULP，我想把其改写为LAMMPS的。[/backcolor] 势函数类型是morseelectrostatic[/backcolor] short-range interactions: morse potentiallong-range electrostatic interactions: Ew ...查看全文

900 2 0 0 分子模拟
ms建的模型如何导入lammps啊

晨曦遇晓

2018-11-19

新窗

ms建的模型如何导入lammps啊？希望大家帮帮忙，我是新手。呵呵[/backcolor]

1026 4 0 0 分子模拟
纳米Al梁，用加载的速度分别用变量=1和常量1怎么结果不一...

侧耳倾听

2018-11-19

新窗

这是我的IN文件，只有最后一点不一样 units metal boundary s s s atom_style atomic lattice fcc 4.05 region box1 block 0 300 5 0 5 create_box 1 box1 # 创建盒子，名为box1 region box2 block 0 30 1.5 ...查看全文

1036 2 0 0 分子模拟
tip4p模型，相邻水分子连在一起

性感的猪

2018-11-19

新窗

用了tip4p模型做水的有关问题，可是运行之后发现水分子的间距越来越小，到后来相邻的分子都连在一起，就像成键了，之后就出错：[/backcolor] ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM，请大家帮助看看是什 ...查看全文

929 4 0 0 分子模拟
请教一下，搞不懂了，Morse参数的问题

流水若风

2018-11-19

新窗

看了一篇燕山大学的硕士论文，写的是C原子和Cu原子之间关于Morse势函数中的三个参数即D，alpha和r0的计算方法，是分别用C-C原子之间的D和Cu-Cu原子之间的D相乘之后求平方根得出的C-Cu的D，其他的alpha 和r0也是如此 ...查看全文

966 0 0 0 分子模拟
请问lammps中怎么施加静水压力啊？

落叶凡尘

2018-11-19

新窗

请问lammps中怎么施加静水压力啊？多谢！

1007 2 0 0 分子模拟

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