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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

力常数单位问题请教

甜蜜再恋

2018-11-26

新窗

pull = constant_force[/backcolor] pull_geometry = direction; simple distance increase [/backcolor] pull_dim = N N Y[/backcolor] pull_start = yes ; define initial COM distance > 0[/backcolor] pu ...查看全文

844 0 0 0 分子模拟
如何获得二面角信息（帮朋友发）

蜜桃果儿

2018-11-26

新窗

我新建了个分子，原子不多，但是由于分子结构有点复杂，prodrg转化不了。无奈之下用gaussian分配了电荷，但是键、键角，还有二面角的信息怎么获得呢？希望各位高手们能帮帮忙，小弟在此谢谢大家了。 ...查看全文

700 0 0 0 分子模拟
谁有prodrg的local版，能分享一下吗

月圆

2018-11-26

新窗

如题，虽然知道要求有些过分，但希望有的大侠们能分享一下，网站上的不能用了，我现在一切工作面临中止，小弟再此诚挚感谢各位。谢谢[/backcolor]查看全文

969 5 0 0 分子模拟
GMX参数文件

蜜桃果儿

2018-11-26

新窗

GMX参数文件整理版~共勉

838 3 0 0 分子模拟
如何显示一个完整的膜呢？

唯美之恋

2018-11-26

新窗

大家好，在一个水盒子中，有磷脂分子层，我放到盒子的底部了，模拟后，膜变形了，变形的部分从顶部出来了（z轴的顶端），这样就不能做膜的俯视图了，如何才能显示一个完整的膜呢？谢谢大家了！[/backcolor] ...查看全文

885 2 0 0 分子模拟
哪种水分子模型适合处理氢键

碎花洋裙的优雅

2018-11-26

新窗

spc模型是不是不如tipnp好？[/backcolor]

835 2 0 0 分子模拟
新手求教一个简单系统的energy minimization的问题

最后一秒的心痛

2018-11-26

新窗

大家好：我是gromacs新手. 在最近的学习过程中我遇到一个问题，想请教一下版上各位。我正在学习使用gmx,然后抱着试试看的心态做了一个很简单的系统，就是一个水盒子然后里面加上一些离子。我使用了如下命令： genb ...查看全文

1017 5 0 0 分子模拟
gromacs 距离限制

淘気啲

2018-11-23

新窗

现在我有一个分子的文件XCp 0.001 0.00 1XCp 0.001 0.00 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 -0.10 1 H 1.00794 0.09 1 C 12.011 ...查看全文

883 1 0 0 分子模拟
讲解下beta

怀念过去

2018-11-23

新窗

有谁能讲解下beta-sheet和beta-bridge，我这边一片论文是这样描述的By contrast，the fraction of beta bridge ,which are defined as short beta-sheet-like segments of two residuesin length , remains near 5% ...查看全文

672 0 0 0 分子模拟
能量最小化后进行nvt平衡是出错

窨楽饷起

2018-11-23

新窗

最近在仿照ter20前辈总结的例子运行有机分子dmso的gmx，在能量最小化后进行nvt平衡的出错: 错误提示为："number of coordinates in coordinate file (afem.gro 7728) dose not match topology (dmso.top 0)" 在网上 ...查看全文

951 2 0 0 分子模拟
gromacs,水合物的超晶胞

未眠的梦

2018-11-23

新窗

好不容易自己做出来的水合物超晶胞

967 3 0 0 分子模拟
gromacs安装报错

姐不吃这招

2018-11-23

新窗

[/backcolor]

931 1 0 0 分子模拟
mdrun_mpi 报错

站在馨染回忆

2018-11-23

新窗

mdrun_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory[/backcolor] 大家知道是什么原因导致这个错误的吗？是不是在设置路径的那步出的错？[/ ...查看全文

925 1 0 0 分子模拟
安装gromacs时configure检查出错误“can not find fftw3f library”

洎沫

2018-11-23

新窗

之前已经安装了fftw-3.2.2，要怎样解决呢，谢谢！

749 2 0 0 分子模拟
lj为什么会突然跃迁下降？谢谢大家！

紫色心韵

2018-11-23

新窗

我运行了100ns后，保存成了1.gro文件，接着我在这个1.gro文件的基础上，仍然使用原来的md参数文件，继续运行，可是得到的lj势能突然下降了好多是什么情况？[/backcolor] 也就是两个过程的lj在第二次跑的开始有了一个 ...查看全文

914 2 0 0 分子模拟
加入补偿离子后，重新生成.tpr文件时，出现.pdb文件和.top...

桃子小姐

2018-11-23

新窗

码如下：[/backcolor] pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f 1OMB.pdb –o fws.pdb –p fws.top –water spce[/backcolor] editconf -bt cubic –f fws.pdb –o fws.pdb –d 0.9[/backcolor] genbox –cp fws.pdb –cs spc ...查看全文

922 2 0 0 分子模拟
怎样计算蛋白中某一个氨基酸的pKa值

琉璃美姬

2018-11-23

新窗

请问各位，可不可以用gromacs计算蛋白中某个氨基酸的pKa值？因为在gromacs计算自由能的时候有一个参数：couple-moltype，不知道因该怎样设置？请高手指点，非常感谢！ ...查看全文

881 2 0 0 分子模拟
求教GROMACS模拟产生的问题

chole

2018-11-23

新窗

gromacs模拟过程中，产生了很多类似step4566102b_n0.pdb的文件，有说是模拟时转角过大，请问到底是什么原因，该怎么解决，谢谢了，急求！！[/backcolor]查看全文

846 2 0 0 分子模拟
我有了xtc文件，如何重新计算下能量？

sherry

2018-11-23

新窗

mdrun -s xx.tpr -f xx.xtc -o new.xtc -rerun 可以么？[/backcolor]

894 2 0 0 分子模拟
用gromacs模拟时一定要做NVT、NPT平衡的步骤吗？

grace

2018-11-23

新窗

RT。看水中的溶菌酶的时候有这两步，需要npt.mdp nvt.mdp,再做md的时候还要个md.mdp 但官网上的教程里做完能量最小化后就直接一个pr.mdp试跑了。。。限制性和非限制性动力学到底在操作上有什么差别呢？谢谢各位大 ...查看全文

815 2 0 0 分子模拟

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