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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

纳米流体国内SCI期刊投稿咨询

怀念过去

2018-11-26

新窗

小弟是用gromacs做纳米通道流体动力学输运机理的，主要研究杨氏方程在微观纳通道尺度下的适用性。请问各位大虾，想投国内的SCI杂志，求推荐啊，如某高校的学报啊，中国科学等杂志，推荐的时候最希望能附上理由了， ...查看全文

921 2 0 0 分子模拟
gromacs_tutorail中clg_b4md.pdb文件找不到

洎沫

2018-11-26

新窗

我在做gromacs_tutorail中蜘蛛毒素肽的研究的例子。在最后结果分析中建立索引文件的指令是make_ndx –f clg_b4md.pdb –o clg_ter.ndx[/backcolor] 但是系统提示找不到clg_b4md.pdb文件。请问这个文件怎么获得呢[/b ...查看全文

905 3 0 0 分子模拟
gromacs怎么模拟气体分子在空间的运动？

未眠的梦

2018-11-26

新窗

之前做过教程的例子，但是都是蛋白质结构在盒子中的，我想请问下能不能望比如纳米管这样的空间中加入气体来模拟呢？查看全文

859 0 0 0 分子模拟
呼叫gromacs大神

姐不吃这招

2018-11-26

新窗

想问问使用make_ndx命令分组的问题,我不需要定义哪些具体的原子为一个组,而是想把体系中距某个中心原子一定半径以内的所有原子定义成一个组,之外的定义成另一个组(随着系统的动力学演化,半径之内的原子可能跑到外面 ...查看全文

845 2 0 0 分子模拟
制作pdb文件，原子序号混乱

站在馨染回忆

2018-11-26

新窗

使用chem3d和ms制作了一个聚合物，但是生成的pdb文件中，原子序号完全是乱的，1-5-2-10-3-4，相邻的原子编号却可能非常远导致我使用x2top生成itp文件的时候，本来应该每一个单体形成一个0电荷的集团，现在电荷始终 ...查看全文

895 3 0 0 分子模拟
LJ粒子的pdb文件怎么写

琉璃美姬

2018-11-26

新窗

本人菜鸟一只，现在刚开始学习gromacs，想模拟一下LJ气体，怎么产生pdb文件呢，然后mdp文件用网上下载的那些直接修改就可以吧？谢谢大家，[/backcolor]查看全文

811 3 0 0 分子模拟
分子模拟与蛋白结构

紫色心韵

2018-11-26

新窗

做蛋白的分子模拟，一定要有晶体或NMR的结构吗？

849 1 0 0 分子模拟
gromacs安装出错求助

桃子小姐

2018-11-26

新窗

大家好，请教一下，安装gromacs时，进行到make阶段，出现了以下的错误，应该怎样解决呢？谢谢~[/backcolor] numa_malloc.c:117:error: parse error before "Processor"[/backcolor] numa_malloc.c:118:error: parse ...查看全文

883 0 0 0 分子模拟
在Redhat 4.6上安装Gromacs

梦醉红颜

2018-11-26

新窗

Gromacs最近发布了4.6的beta版本，想尝尝鲜，于是就开始在集群上进行折腾。由于集群是曙光所装的很老的redhat4.6，很多新的软件安装起来都非常麻烦，装一个最新的gcc都弄了我一天时间，坑爹啊。另外，Gromacs从4.6开 ...查看全文

849 2 0 0 分子模拟
system size 和box vectors 不一样

饶雪漫

2018-11-26

新窗

手里有一个lipid双层膜，发现system size跟box vectors不一样。[/backcolor] system size 是计算的x,y,z的最大最小差值，但box vectors是直接输出的gro文件的最后一行。[/backcolor] 如果把box vectors改成system si ...查看全文

857 0 0 0 分子模拟
gromacs_tutorail中pr_md.mdp和md.mdp找不到

圆溜溜儿

2018-11-26

新窗

本人菜鸟，刚接触gromacs 2天。我在做gromacs_tutorail中蜘蛛毒素肽的研究的例子，做到genion –s fws_em.tpr –o fws_ion.pdb –nname CL- –nn 2 –g fws_ion.log 这一步，望SOL溶剂中加2个cl离子时候，教程让我 ...查看全文

824 5 0 0 分子模拟
mdrun 后出错

流光傾瀉庭院

2018-11-26

新窗

我是新手，按照网上的 Gromacs 教程水中的溶菌酶自学进行我的模拟，模拟到平衡那一步grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr 都还相对正常，但继续往下到了[/backcolor] mdrun -deffnm nvt时，系统 ...查看全文

849 2 0 0 分子模拟
ubuntu12.04下gromacs无法编译

诗意绵长

2018-11-26

新窗

大家好，我在ubuntu12.04下参照帖子http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=41176 安装了fftw-3.3.2,然后在终端内，直接输入以下命令 export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.3.2/include[/backcolor] export LDFLAGS=-L/ ...查看全文

827 4 0 0 分子模拟
gromacs中常见的错误

半写的温柔

2018-11-26

新窗

大家继续补充哈

829 0 0 0 分子模拟
gromacs中坐标文件与top文件不匹配

把梦留给夜

2018-11-26

新窗

大家好，刚学gromacs，在找某个教程上的例子练手，遇到个问题想请教一下大家。[/backcolor] 构建了一个含有蛋白质、水和sds的系统，然后想要grompp，产生tpr然后在接着往下做时，遇到这样的错误。[/backcolor] Fatal ...查看全文

877 4 0 0 分子模拟
gromacs运行时出现错误怎么办

冷空气来袭

2018-11-26

新窗

请问gromacs运行时，在选择完力场文件后再运行时出现Fatal error: Residue 'AMN' not found in residue topology database,是什么原因啊？怎么解决？？谢谢[/backcolor]查看全文

816 1 0 0 分子模拟
分享一个gromacs中常见错误处理方法及虚拟机下共享文件！

梦话多多

2018-11-26

新窗

分享一个gromacs中常见错误处理方法及虚拟机下共享文件，我也是初学，跟大家一起分享，一起学习！查看全文

869 2 0 0 分子模拟
在ubuntu下出现错误File input/output error，请问是什么原因？

千妤

2018-11-26

新窗

本人最近刚开始学习gmx，按着蜘蛛教材操作时，在第一步选择立场后出现错误File input/output error，10MB.pdb！以前有个帖子也是类似的问题，只是还是没有明白，我的10MB.pdb文件是从教材那个网址上下载的，不知道是 ...查看全文

822 2 0 0 分子模拟
gromacs计算

雨花泪

2018-11-26

新窗

请问，我在用gromacs做计算的时候，出现了gromacs进程还在，仍在继续计算，但是计算得到的文件却没有继续更新，就停在中间某一步了，这是什么原因呢？是计算出错了吗？[/backcolor] ...查看全文

815 2 0 0 分子模拟
如何制作无限长的链

浅语

2018-11-26

新窗

想要模拟一个无限长的聚合物，希望通过周期边界来完成。初步的想法是边界两边的原子是同一个。但是我不知道itp文件应该怎么写查看全文

853 2 0 0 分子模拟

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