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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

GPU的GROMACS版本有哪些功能?

心无可恋

2018-11-26

新窗

据说只有部分功能移植过去了,但4.*中的功能具体有哪些能用,哪些不能用?有没有用过的高人指点一下?查看全文

1031 2 0 0 分子模拟
请问有什么软件可以计算小分子A与受体的相互接触面积

悲剧上演

2018-11-26

新窗

小分子A对接入受体的活性腔里面，请问有什么软件可以计算小分子A与受体的相互接触面积，谢谢![/backcolor]查看全文

922 1 0 0 分子模拟
Gromacs中如何在一次模拟运行中获取每一步的原子坐标？

最佳寂寞奖

2018-11-26

新窗

求助各位大神：Gromacs中如何在一次模拟运行中获取每一步的原子坐标？[/backcolor]

919 5 0 0 分子模拟
RESP电荷的处理

暗恋的杯具

2018-11-26

新窗

大家好，我现在在算一个蛋白质，用gromacs做MD，这个蛋白中包含了2FE-2S，这个2FE-2S中的Fe原子和cys配位，为了得到它的参数，我采用gaussian09计算，简化了模型，用SCH3来取代cys残基，这里我有一点不太确定的是， ...查看全文

932 0 0 0 分子模拟
裸做MD屌丝们的希望

纵使余思弥漫

2018-11-26

新窗

来看看刚发的一篇JACS吧[/backcolor] http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ja3084658[/backcolor] 裸用MD跑了4个体系30ns[/backcolor] 没有花哨的分析，只有RMSD[/backcolor] 结论是loop部分很flexible，可能对功 ...查看全文

962 2 0 0 分子模拟
g_hbond 的使用问题

阳光晒干泪水

2018-11-26

新窗

请问怎样才能得到氢键的0--H--O键角分布。[/backcolor] 为什么我用g_hbond命令得到的是0--30度的键角分布图，而文献上的都是0--180度的键角分布图，且峰值在160度左右。[/backcolor] 这样的图应该怎么获得呢？[/back ...查看全文

1037 4 0 0 分子模拟
关于martini力场教程protein in water问题

背不动

2018-11-26

新窗

我按照maritini官网http://md.chem.rug.nl/cgmartini/ ... /ubiquitin-in-water 教程2a，水中蛋白质做练习，到了第六步，装完水之后就不会了。 6. Do a short energy minimization and position restrained simulati ...查看全文

990 6 0 0 分子模拟
能量优化时是否要采用周期性边界盒子？

情太重

2018-11-26

新窗

能量优化时是否采用周期性边界盒子？有谁可以指点下[/backcolor]

890 2 0 0 分子模拟
急求gromnac做晶体问题

一万零一种可能

2018-11-26

新窗

各位大侠，我现在做的一个在常温下是晶体的物质十六酸，现在是验证其晶体结构。看了文献，有相关的物质硬脂酸，文献是这样说的，The initial configuration for the stearic acid crystal was taken[/backcolor] fro ...查看全文

964 2 0 0 分子模拟
请教一些关于PMF计算的问题

貝多芬旳悲傷

2018-11-26

新窗

刚接触PMF计算，很多问题不明白，希望大家多多帮助！ 1.我按照gromacs官网上的教程做，做到计算各构象A和B之间的距离的时候，下载的那个脚本运行完了没有结果，summary.dat文件里头只有0到500这么一列数，我用g_dist ...查看全文

976 2 0 0 分子模拟
请教VMD中measure hbonds

无痕

2018-11-26

新窗

请教大家，初用VMD中measure hbonds计算氢键，体系为一个羧酸体系，供体和受体分别为OH和羰基O，在index中的编号分别是第6组合第5组。[/backcolor] 在TKconsole中，这样写到，大家看是否有错[/backcolor] 首先按照手 ...查看全文

903 0 0 0 分子模拟
Fatal error: Residue 'DPP' not found in residue topology database

月落诗

2018-11-26

新窗

今天下载了一个磷脂膜的PDB文件。里面含有128DPPC和3655水分子，，输入pdb2gmx -f dppc.pdb -o dppc_processed.gro 后选择了合适的力场，然后出现Fatal error: Residue 'DPP' not found in residue topology databas ...查看全文

990 4 0 0 分子模拟
有人試過KALP

亲爱嘚

2018-11-26

新窗

最近參考 http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html 把自己研究的分子丟在DPPC上去模擬，使用的是GMX-4.0.4 我在"Orient the protein and membrane"這個階段遇到一些問題照該網頁所言，要得到一個 ...查看全文

953 4 0 0 分子模拟
DNA聚合酶如何将其固定在纳米孔上

那么丑陋

2018-11-26

新窗

各位大虾，最近看到一个很有趣的实验。在真实的生物实验中，DNA聚合酶大家都知道是可以让目标DNA分子进行聚合修复的，在修过程中产生催化作用。[/backcolor] 但是我好奇在生物领域如果想将DNA聚合酶固定到纳米孔上该 ...查看全文

910 5 0 0 分子模拟
如何让盒子xy面压缩呢？

虚寒问暖

2018-11-26

新窗

我现在使用的方法是通过增大xy面的压强来使得面积减小，但是如果我想使得xy面以一定的速度减小，能实现么？谢谢了[/backcolor]查看全文

878 0 0 0 分子模拟
怎样在力场文件中找到蛋白中键长键角的信息

你的笑

2018-11-26

新窗

怎样在力场文件中找到蛋白中键长键角的信息比如OPLS力场，aminoacids.rtp给出了蛋白质中成键的信息，但键长键角的具体数值在哪儿呢？查看全文

952 1 0 0 分子模拟
我自己建的43a1小分子HPO4 为啥有错啊？

心与心缠绵

2018-11-26

新窗

下面是我的小分子rtp文件[/backcolor] [ PO4 ][/backcolor] [ atoms ][/backcolor] P P 1.924 0[/backcolor] O1 OM -1.127 0[/backcolor] O2 OM -1.127 0[/backcolor] O3 OM -1.127 0[/backcolor] O4 OA -0.9 ...查看全文

864 0 0 0 分子模拟
提取单个粒子上的virial

人生苦短

2018-11-26

新窗

RT,我想要提取单个粒子上的virial。[/backcolor] 首先，根据virial的计算方法，使用粒子坐标与所受合力计算的话，在周期性边界处是不正确的，已有文献验证了这一点。[/backcolor] 然后，我尝试着使用g_energy的另一 ...查看全文

909 0 0 0 分子模拟
做粗粒化过程中遇到的问题

看淡灵魂

2018-11-26

新窗

我做粗粒化的过程中，用NVT系综就可以通过，但是一用NPT就会出现好多问题，有时说CUT-OFF值大于盒子一半，我调了之后就会出现体系崩溃，要不就是盒子漂移了，等等，想问大家遇到过这种情况？都怎么解决的，需要调节 ...查看全文

870 4 0 0 分子模拟
双链的蛋白质模拟轨迹的处理

独特之蕞

2018-11-26

新窗

我模拟了一个protein-protein complex，查看轨迹文件时发现，两条链在处理轨迹的时候是分开的，而不是作为整体移动的，如图：[/backcolor] 请问这种情况应该怎么处理，才能让两条链作为一个整体移动呢？我md已经跑完 ...查看全文

891 2 0 0 分子模拟

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