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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

GROMACS标准文件读写C语言接口（top文件、gro文件、pdb文件、...

蔷薇的眼泪

2018-11-26

新窗

GROMACS标准文件读写C语言接口（top文件、gro文件、pdb文件、xvg文件）[/backcolor]

1053 7 0 0 分子模拟
关于PDB文件问题

沐栀凝

2018-11-26

新窗

我是新手，现在想模拟一个双分子层膜，由DOPC构成，文献中提到的是修改的PDB文件，但我没有找到，只找到了DOPC的itp文件，该怎么办，还有文献中提到构建双分子层膜是先做一个单层的，然后翻转，请问在GROMACS如何实 ...查看全文

1022 5 0 0 分子模拟
npt模拟出问题

苏雪痕

2018-11-26

新窗

我的模拟体系是中间有个膜（膜使用了position restraint），在Z方向上把溶液隔开，膜中间有空，可以使溶液通过孔来实现流动。现在要使用NPT系宗来调节密度，想要保持XY平面大小不变，通过调节z方向的长度来实现，设 ...查看全文

1033 4 0 0 分子模拟
Pressure Coupling是什么意思

蕥沫

2018-11-26

新窗

请问Gromacs中的Pressure Coupling是什么意思？tau_t参数是什么意思？[/backcolor]

1040 3 0 0 分子模拟
请求分享 DPPS 结构和itp文件

俏皮小妞

2018-11-26

新窗

手上没有Chem3D软件，无法按 Sobereva的提示构造DPPS lipid[/backcolor] 有谁可以分享一下 PDB和ITP文件[/backcolor] BTW我已经写消息给 Sobereva要这两个文件了，[/backcolor] 最后也许大家可以一起分享[/backcolor ...查看全文

945 2 0 0 分子模拟
末端残基GLU中氧原子的力场参数

香雪醉清风

2018-11-26

新窗

这是一个两条链的蛋白质中其中一条的末端GLU残基。我用这个文件执行pdb2gmx时报错：Fatal error: Atom OXT in residue GLU215 was not found in rtp entry GLU with 10 atoms while sorting atoms. 我看了一下这个OX ...查看全文

978 3 0 0 分子模拟
如何通过gromacs选择一定范围内的水分子

醉冷倾城

2018-11-26

新窗

我想选择小分子配体周围0.5nm范围内的水分子并生成一个PDB文件，请问如果通过gromacs命令实现？谢谢大家。[/backcolor]查看全文

1048 6 0 0 分子模拟
能量最小化报错

梦倾城

2018-11-26

新窗

大家好，我是在运行求蛋白Free Energy模拟过程中，有两个能量最小化的文件出相同的错，其它19个能量最小化没有问题，报错如下：[/backcolor] Low-Memory BFGS Minimizer:[/backcolor] Tolerance (Fmax) =1.00000e02[ ...查看全文

889 0 0 0 分子模拟
cygwin下安装Gromacs，系统内存被耗尽

轻舞倾城

2018-11-26

新窗

RT，本人试着在win7,64位操作系统下安装Gromacs.在安装完FFT3.3.2以后能够顺利的进入gomacs的configure阶段并完成。configure完成后make阶段总是失败！！！make过程中不但的占用系统内存，从开始的1.9个G到最后的3.7 ...查看全文

979 3 0 0 分子模拟
gromacs中如何施加指向某一点的力

韩莫莫

2018-11-26

新窗

模拟中，想对一个球形分布的很多小分子施加一个指向球心的外力，球心在盒子的中心，请问有人知道什么方法可以实现这种操作吗？[/backcolor]查看全文

908 2 0 0 分子模拟
新手speptide的模拟过程

黑白格子控

2018-11-26

新窗

今天把speptide跑了一遍，算是开始了俺的GROMACS之旅...用之前的word文档里的东西搞有不少问题，折腾了一天，中间还重装了一次Ubuntu，囧死我了。把文件附上。把用的命令附上。希望对新手有些帮助吧。注：word文 ...查看全文

1007 6 0 0 分子模拟
gromacs从蛋白质复合物中提取其中一条肽链

佐小安

2018-11-26

新窗

求助：我模拟的两条链的蛋白质，模拟结束后想提取出其中一条链的轨迹在默认的索引文件中没有两条链单独的group，我是不是要重新建立新的索引文件重新mdrun才行呀，有没有捷径呐？[/backcolor] ...查看全文

994 2 0 0 分子模拟
box的形状

苏小夕

2018-11-26

新窗

我在生成box的时候，用[/backcolor] editconf -f conf.gro -bt dodecahedron -d 1.0 -o box.gro[/backcolor] 没有生成正立方体，而是生成十二面体，因为editconf里提供了这个选项，[/backcolor] 但是加完水后，整个 ...查看全文

963 4 0 0 分子模拟
关于1OMB.PDB文件的问题

艺小萌

2018-11-26

新窗

各位前辈，我是个新新新手，还未上手使用软件，在看教程。[/backcolor] 对于1OMB.PDB文件不太明白，它有什么作用呢？谢谢各位能够指点迷津！[/backcolor]查看全文

1038 4 0 0 分子模拟
vmd中没有pbc命令

花小蕊

2018-11-26

新窗

我输入pbc box -on后显示invalid command name“pbc” 请问这是什么原因呀？

936 3 0 0 分子模拟
position restraints

碎了的花

2018-11-26

新窗

想在Gromacs做MD的时候，限制分子的运动。我的分子是个寡聚物，想限制两端的两个原子，如何具体操作？请写详细点儿，谢谢哈！[/backcolor]查看全文

893 2 0 0 分子模拟
请教一下安装上的问题……新手求助

唯美似夏花

2018-11-26

新窗

我在安装lam的时候，他提示我要装Fortran。然后我去下载了Intel Fortran,但是在装的过程中弹出了以下问题，请问要怎么解决？[/backcolor] 求助～～～～[/backcolor] ……[/backcolor] Attempting to log in as root. ...查看全文

972 2 0 0 分子模拟
新手，运行1OMB蜘蛛例子时力场出错

一季花落

2018-11-26

新窗

把例子上的第一句话复制上去以后，提示力场不对，其余没问题，怎么回事？

905 2 0 0 分子模拟
求助，如何计算Potential of mean force？

百花残

2018-11-26

新窗

怎么计算表面活性剂和碳纳米管之间的PMF（Potential of mean force）啊？之前完全没有接触过这个东西，一头雾水啊。。。请大家帮帮忙，万分感激！！[/backcolor] ...查看全文

903 2 0 0 分子模拟
急求怎么计算氢键键长，键角？

悲痛欲绝

2018-11-26

新窗

各位大侠，我现在急求计算氢键的键长，键角的方法来验证我的结果，恳请大家帮忙，跪谢！！！[/backcolor]查看全文

911 1 0 0 分子模拟

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