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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。[/backcolor]基本要求：[/backcolor] [/backcolor]1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人；[/backcolor] [ ...查看全文

3606 1 0 0 版主招聘，申请及离职
发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

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帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

3339 0 0 0 版主招聘，申请及离职
极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

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论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

3077 0 0 0 版主招聘，申请及离职
关于minimize跟驰豫的问题。

倚楼醉听曲

2018-11-19

新窗

最近看到很多文章里的模拟过程都让系统有一个驰豫过程，但具体到命令的实现问题上，我有个疑问，就是需要用minimize命令么？还是在定义变形前直接RUN多少步，我做的是拉伸试验。 minimize指的是局部能量最小化。我们 ...查看全文

1143 3 0 0 分子模拟
已知TiN的meam参数请问有没有可能转为EAM等其它作用势？

让你忘记我

2018-11-19

新窗

由于2nn meam作用势计算速度太慢了，所以正在想办法解决这一问题，希望好心人帮忙一下。已知条件是： 1、2nn meam的Ti、N、Ti---N的所有参数有没有可能变为EAM合金势，或者Tersoff势，或者其它的作用势 2、还已知的 ...查看全文

1083 4 0 0 分子模拟
粒子沉积到表面的模拟

不分手的恋爱

2018-11-19

新窗

请教各位：我想用lammps模拟粒子沉积到表面，对于要沉积的粒子想沉积若干个，用哪个指令添加要沉积的粒子数目？[/backcolor] 我用的fix1mobile deposit 300 1 100 12345 region mobile ，不能添加，麻烦各位指点一下 ...查看全文

927 4 0 0 分子模拟
一般驰豫模型的时候大概在什么温度合适呢

爱我者我必爱

2018-11-19

新窗

一般在模拟前都会先进行能量最小化，模型的驰豫。能量最小化与温度无关，但是一般对模型进行驰豫温度取多大比较合适呢？[/backcolor]查看全文

1022 3 0 0 分子模拟
静态驰豫in文件－请帮忙看看对吗？谢谢

不给爷笑

2018-11-19

新窗

#Al system unitsmetal boundaryp p p atom_styleatomic read_dataAl-210-large5.lammps pair_styleeam/alloy pair_coeff* * Al.lammps.eam Al neighbor0.3 bin neigh_modifyevery 1 delay 5 check yes timestep0.00 ...查看全文

1061 4 0 0 分子模拟
关于region和compute temp/region

自欺欺人

2018-11-19

新窗

我定义了一些region 然后用compute temp/region来计算温度想问一下如果模拟过程中原子跑出了区域是不是就不算在计算温度之内了[/backcolor]查看全文

898 3 0 0 分子模拟
多种势函数的应用

没有桃子的阿狸

2018-11-19

新窗

求教啊我的系统里面就只有C原子，不过有3个type。1中原子之间，2中原子之间，3中原子之间还有1和2之间都是airebo势，1和3之间，2和3之间用lj/cut势。我的in文件是 pair_style hybrid airebo 3.0 1 1 lj/cut 3.0 pai ...查看全文

885 4 0 0 分子模拟
拉伸in文件的困惑

逃逃逃逃不掉

2018-11-19

新窗

我主要是想做TiAl 的拉伸，in文件中关于拉伸的部分是这样的： define groups[/backcolor] region 1 block INF 1 INF INF INF INF[/backcolor] group left region 1[/backcolor] region 2 block29 INF INF INF I ...查看全文

918 3 0 0 分子模拟
有lammps初学者用的小程序么分享一下谢谢诶

你浓我浓的梦

2018-11-19

新窗

衷心感谢[/backcolor]

932 6 0 0 分子模拟
有人使用SIESTA做MD模拟的吗?

情人总分分合合

2018-11-19

新窗

有没有人使用SIESTA做MD模拟的?我想请教一些问题

911 3 0 0 分子模拟
meam势函数参数修改和补充，谢谢关注

怀念你的爱

2018-11-19

新窗

我是用2NN做Cu-Si的，也是已知Cu，Si，Cu——Si这些meam参数。[/backcolor] 可是问题在于：[/backcolor] library.meam中Si和Cu给出参数与我要用的的各种参数有些不一致，想做一个修改和补充，我是再写一个Si.meam和C ...查看全文

903 3 0 0 分子模拟
关于原子大小和氧、氮的lj势场参数问题

我在乎你的在乎

2018-11-19

新窗

有个问题想请教各位前辈，关于lammps里的原子半径设置问题，我在LAMMPS_short_manual中看到可以用shape命令来控制，但是在manual文件和lammps官网上都没找到这个命令，那么现在的lammps里是不是不能给原子设置半径大 ...查看全文

918 3 0 0 分子模拟
关于LAMMPS位错建模

没网名用了

2018-11-19

新窗

[/backcolor]

801 3 0 0 分子模拟
安装lammps报错

先生请自重

2018-11-19

新窗

在安装lammps时报错，报错如下：[/backcolor] ../pair_kim.cpp:41:21: fatal error: KIM_API.h: No such file or directory[/backcolor] compilation terminated.[/backcolor] make[1]: *** Error 1[/backcolor] ma ...查看全文

875 3 0 0 分子模拟
To sika3的短消息:msi2lmp工具的使用问题！

是一场戏

2018-11-19

新窗

不好意思可以请问你，MS导出的car和 mdf 文件转换为lammps的data文件，在msi2lmp中的例子你的过程如何执行的?? 答：首先建议请先阅读msi2lmp中的README文件，readme文件中对该工具的使用已经说明的比较清楚了。如果 ...查看全文

885 3 0 0 分子模拟
怎样用LAMMPS 计算碳化硅增强体铝基复合材料界面的热导率...

久而旧之

2018-11-19

新窗

如果已经建立好模型，还需要什么东西啊！[/backcolor]

871 4 0 0 分子模拟
体系中的点缺陷数目

你是我的

2018-11-19

新窗

之前通过计算空位和间隙原子的形成能，然后通过公式计算空位浓度。[/backcolor] 不知道Lammps里是否有命令直接统计计算体系中的点缺陷数目呢？文献中提到计算点缺陷的方法是：如果点阵位置没有原子，则为空位缺陷； ...查看全文

874 6 0 0 分子模拟
EMD计算水的热导率

我的爱只是你

2018-11-19

新窗

我采用键长建角可变的SPC水模型计算水的热导率，用fix ID group-ID ave/correlate Nevery Nrepeat Nfreq value命令计算热流相关函数，在其他条件不变的情况下，改变Nevery Nrepeat Nfreq的值，算出来的热导率就相差 ...查看全文

899 6 0 0 分子模拟
LAMMPS的数据处理问题

独占你的爱

2018-11-19

新窗

刚接触lammps不到一个月，对于建模，根据manual是有很多前期，后期处理tools。像lmp2arc lmp2md lmp2cfg msi2lmp ch2lmp 之类！我想大部分人常用msi2lmp，利用material studio 建模转为lammps可读文件！但是我用它 ...查看全文

891 5 0 0 分子模拟
LAMMPS并行计算丢失原子与串行则不会

要疼你一辈子

2018-11-19

新窗

本人ubuntu11.10的64位版，并行的lammps计算一个二氧化硅体系在高温下会丢失原子，而用串行计算则不会。请问各位大大，什么情况下会出现这种奇怪的现象，或者怎么样才能避免这种情况的发生啊？ ...查看全文

879 4 0 0 分子模拟

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