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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

对接成功后如何变为一个pdb 文件？谢!

地狱异类

2018-12-4

新窗

对接成功后如何变为一个pdb 文件？谢!

1043 3 0 0 分子对接
autodock的dlg文件打不开

黑发尤物

2018-12-4

新窗

做autodock到最后生成dlg文件打不开，用analysis-open就提示如下：看了相关的帖子说把dlg文件打开，打开后提示说配体的PDBQT找不到或打不开，有人说是路径不对，但是没有说怎么解决这个问题，请各位高手指点迷津， ...查看全文

1073 3 0 0 分子对接
分子对接时，文件格式转换

彼岸髅灵

2018-12-4

新窗

在做分子对接的过程中，如何将gpf或者dpf格式文件转换为dlg格式文件？[/backcolor]

1016 2 0 0 分子对接
Autodock下载

若如初见

2018-12-4

新窗

有没有大神指导Autoduck在哪里下载，我可能太菜了，找了很久没有下载到，我的电脑是Win732位的，求助查看全文

920 0 0 0 分子对接
关于“autodock-Win版2014年最新中文版教程”问题。

俯瞰天空

2018-12-4

新窗

大家好，鄙人初学autodock，做网友“未央尊”提供的教程autodock-Win版2014年最新中文版教程 http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1020(出处: 生物分子模拟论坛)“autodock-Win版2014年最新中文版教程” ...查看全文

1008 3 0 0 分子对接
小牛胸腺DNA和鱼精DNA的结构

男T台步

2018-12-4

新窗

新手提问：我想用 auto dock 模拟小牛胸腺DNA和鱼精DNA和小分子对接，在哪可以找到DNA的结构，能否给个链接？[/backcolor]查看全文

939 2 0 0 分子对接
关于用autodock做分子对接

生性凉薄

2018-12-4

新窗

1.如何找到Gamma-aminobutyric-acid receptor alpha-3 subunit的pdb文件，试了很多数据库像pdb,drug bank,uniport,ZINC都没有，是不是要自己画，还有我想要靶点和它的原配体对接作参照却不知道怎么把从pdb数据库下同 ...查看全文

970 2 0 0 分子对接
AUTODOCK的DLG文件里没有Ki值

情场老司机

2018-12-4

新窗

我之前计算的时候都有Ki值，这几次就没有了。请问在哪里设置计算Ki值或怎么通过△G计算Ki值？查看全文

934 2 0 0 分子对接
autodock温度问题

生性凉薄

2018-12-4

新窗

我想请问下怎么设置autodock在对接的温度、溶液PH值等，这些都可以在哪设置，或者默认值是多少？希望可以指导下。[/backcolor]查看全文

940 2 0 0 分子对接
autodock处理小分子断键

北城以念

2018-12-4

新窗

使用autodock处理小分子后，由最开始的pdb保存为pdbqt格式，三氮唑环竟然开环了，请问是什么原因，纠结了好多天，望大神们帮帮忙！查看全文

1011 2 0 0 分子对接
求教AutoDock中默认原子力场参数

因帅入狱

2018-12-4

新窗

请问各位大神们，AutoDock中默认的原子力场参数的意义是什么，新增的原子力场参数是按照什么计算出来的？查看全文

876 3 0 0 分子对接
请教三个分子之间的对接

予我心安

2018-12-4

新窗

本人刚开始接触分子对接，想请教大家一个问题，我想做三价Fe、小分子A、蛋白质B之间的三元对接，首先Fe和A要形成络合物C。可以用autodock吗?如果用Autodock可以对接Fe和A形成C，然后C和蛋白质B对接，请大牛们赐教， ...查看全文

958 2 0 0 分子对接
有没有模拟金属配合物与蛋白之间相互作用的啊

浅眠未安

2018-12-4

新窗

我有几个过渡金属配合物想模拟下与蛋白和DNA之间的相互啊作用，自学了几天可是真心无力回天啊！跪求好心人！！急！查看全文

900 3 0 0 分子对接
请问大家如何分析Autodock结果

云卷云舒

2018-12-4

新窗

得到的对接的结果，不晓得要怎么分析，RMSD怎么看啊？得到的构象是一个分子的多个构象吗？查看全文

953 4 0 0 分子对接
求大神autodock 4.2.6在64位win7系统下详细的安装和运行方法

薄荷味的猫

2018-12-4

新窗

如题，小白一个，课题需要，想尝试用autodock进行相关的模拟研究，电脑白痴一个，所以想请教论坛的大神帮忙解答一下第一步的安装问题，真心感谢！祝好人一生平安~[/backcolor] 问题1：autodock和autogrid下载后双击 ...查看全文

890 3 0 0 分子对接
水分子要不要设置成柔性残基？

情感通缉犯

2018-12-4

新窗

我的配体和受体结合的时候，可以同时和一个水分子结合，在用autodock4做模拟结合的时候，要把这个水分子也设置为柔性残基吗？查看全文

892 3 0 0 分子对接
autodock重复实验结果不一样是为什么呢？

一身傲娇味儿

2018-12-4

新窗

如题，同一台电脑，同一个配体和受体，同样的条件，也就是说重复实验，为什么两次得到的binding energy等结果不是一样的呢？查看全文

808 1 0 0 分子对接
请问docking后，我想要计算RMSD值，

梦里清欢长

2018-12-4

新窗

请问docking后，我想要计算RMSD值，可是我的配体跟蛋白晶体里面的配体结构差别比较大，那是不是不适合计算RMSD值？[/backcolor] 然后还有什么其他的方法评估我docking的结果呢？[/backcolor] 刚来，没啥积分[/backc ...查看全文

796 0 0 0 分子对接
autodock计算出错

听闻余生

2018-12-4

新窗

我还想一下：我在运行 run autodock时，会出错误。提示是:too few values read in check grid map'a' 还有error:error in readmap unsuccessful completion 这些提示都是关于autodock4的，而在运行autogrid ...查看全文

978 2 0 0 分子对接
不同电脑对autodock结果是否有影响?

凉城温酒

2018-12-4

新窗

autodock在不同电脑上做同一个模拟结合,结果会不会不致? 或者这样问,同样的模拟条件,不同的电脑,除了运算时间不同外,对实验结果本身有影响吗?查看全文

872 3 0 0 分子对接

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