如题，小弟手上现有一个蛋白质与小分子结合的蛋白质晶体，很奇怪的是，对接软件优化好后，转成pymol看，小分子的键少了两个，搞了很久 都不知道原因。请求大牛帮忙？

例如我们现在从www.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：
load 2vl0
该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：

基本的图像操作:
是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。
先说说鼠标吧。
•        任意旋转图像： 对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
•        放大/缩小图像： 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。
•        移动图像： 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
•        设定图像旋转中心： Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
•        移动剪切平面： Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面（离你远的）。
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。

今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。。。

Pymol学习笔记（三）：基础Pymol命令
这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：
Pymol> log_open log-file-name.pml
如果你想终止记录，只需要键入：
Pymol> log_close
好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：
Pymol> load 2vlo.pdb
现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的

都是知识。