在使用显性溶剂周期性条件时，packmol是一个比较好用的初始结构生成工具。从比较AMBER中的solatebox所生成的PDB文件与Packmol所生成的就可以看出，AMBER所生成的所有溶剂分子排列方向均一致，而Packmol的PDB文件溶剂分子取向更具有随机性，而且溶剂盒子大小可以控制。
请问大家一般如何导入由Packmol生成的PDB文件。
我从AMBER官方网站上prof. Case的回复邮件中看到，一般在loadpdb文件后，手动设置box大小，
setbox boxpdbfile vdw 1.0 %此处1.0并不重要
saveamberparm boxpdbfile box.prmtop box.inpcrd %在prmtop文件中可以找到FLAG_BOX_DIMENSIONS字段，但据说直接更改其中的XYZ数据没有用。
$AMBERHOME/bin/ChBox -c box.inpcrd -o box2.inpcrd -X 30. -Y 30. -Z 30. -al 90. -bt 90. -gm 90. %再用ChBox重新定义XYZ的大小。
想请诸位大侠，此种方法是否可靠？如何确定溶剂盒子的密度？

Packmol生成的PDB文件直接复制到你计算的文件夹就可以做后续计算了。
  我用packmol做过一些，就是在packmol里面直接设置盒子的大小，添加需要的分子个数，之后在amber的tleap程序里
setbox **.pdb(packmol生成的pdb) centers
就行了，密度是在后续的NPT模拟后确定的。