如何建立水分子模型

水知道怎么建立水分子模型啊？得到坐标也行，用MS可以么？有什么好的办法

显示全部楼层 · 发表于 2018-12-13 11:28:53

gromacs里有genbox的命令,用于往盒子里添加水分子,不过之前你要用pdb2gmx指定水模型,再用editconf建立盒子才行.

显示全部楼层 · 发表于 2018-12-13 11:29:07

你用什么软件做什么模拟？光这样说哪知道呢？

显示全部楼层 · 发表于 2018-12-13 11:29:21

用MS怎么建模呢谢谢楼上的朋友指点一下

显示全部楼层 · 发表于 2018-12-13 11:29:34

Materials Studio 可以建模，用Amorphous Cell Tools模块里的Construction选项可以建模，先建一个水分子，即一个氧接两个氢，（建立一个新的模型，用sketch Atom按钮在模型上构建分子）然后添加这个分子，修改添加的分子个数，选择边界条件、分子力场，给定密度，然后点击Construct 就可以建一个水分子cell了

显示全部楼层 · 发表于 2018-12-13 11:29:41

大哥，我想问一下，我上去两个星期用AC模块建了两三个周期性水盒子，我是想把我做的一个体系放在水盒子里面做discover动力学模拟，但是一粘贴体系，就提示溢出，把水盒子拷贝出来，再往里放体系也是提示溢出。还有把水盒子单独做discover动力学模拟也提示失败
不是到你能给点拨一下吗

显示全部楼层 · 发表于 2018-12-13 11:29:48