提问
搜索

能否计算两个PDB文件之间的RMSD

来源：分子模拟  › 倒序浏览
  • 回答数

    3

  • 浏览数

    2061

  • 收藏数

    0

我来回答 发表话题
作者：东京樱花 发表于 2018-11-28 14:15:46
跳转到指定楼层
我分阶段跑MD，取个阶段的rst文件生成PDB，那么能否计算两个PDB之间的RMSD呢？如果可以的话，用什么可以计算！
还望大家指教！
分享：
举报
回复

使用道具

奈何桥上

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
12
极客币
33
主题
5
帖子
14
注册时间
2018-11-5
在线时间
3 小时
性别
保密
发表于 2018-11-28 14:15:59 | 显示全部楼层
本帖最后由 奈何桥上 于 2018-11-28 14:35 编辑

之前我理解错了，
回复

使用道具 举报

望誰回眸

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
14
极客币
37
主题
6
帖子
17
注册时间
2018-11-5
在线时间
1 小时
性别
保密
发表于 2018-11-28 14:16:13 | 显示全部楼层
用VMD就可以吧
回复

使用道具 举报

东京樱花

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
16
极客币
42
主题
6
帖子
22
注册时间
2018-11-5
在线时间
1 小时
性别
保密
 楼主| 发表于 2018-11-28 14:16:26 | 显示全部楼层
计算轨迹的rmsd可以用pdb做reference，也可以这样计算另一个pdb的rmsd？
回复

使用道具 举报

高级模式 评论
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册 微信登录
B Color Image Link Quote Code Smilies
Archiver|手机版|小黑屋|极客学术 |京ICP备16066145号-3
Powered by Discuz! X3.4  © 2014-2020 Comsenz Inc.