我在生成box的时候，用
editconf -f conf.gro -bt dodecahedron -d 1.0 -o box.gro
没有生成正立方体，而是生成十二面体，因为editconf里提供了这个选项，
但是加完水后，整个分子看上去比较奇怪，不是在十二面体中，而是在长方体中，而且分子还有暴露在外面的部分，
请问这是怎么回事
大家有没有遇到过种情况？
我不用cubic，想加快点计算速度，少加点水分子

大家都是只用cubic吗？

-bt可以 选择你需要的盒子形状。
参考这里http://www.mdbbs.org/thread-2906-1-2.html
genbox是用来为系统加溶剂环境的，-maxsol选项可以控制加水分子的数目

貌似是不要太在意VMD看到的，反正命令那里写对是dodecahedron就可以了~