“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战
本帖最后由 hdp-ky 于 2020-12-18 15:28 编辑关于举办“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战培训的通知各有关单位:分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件，可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子，常用于模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综，也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。近日，教育部应对新冠肺炎疫情工作领导小组办公室印发《关于加强今冬明春校园疫情防控工作的通知》（简称《通知》），要求各地各校深刻认识今冬明春疫情防控形势的严峻性，牢牢守住教育系统疫情防线，毫不放松抓好今冬明春校园疫情防控工作。各级教育主管部门也将继续通过开展网络教学衔接高校师生开学后教学科研工作。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战培训（第十二期），本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，通过本次培训，能够了解LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？以及如何从简单的例子开始学起，走通整个模拟流程，做出能够发表的结果，具体事宜通知如下：一、时间地点： 2021年01月09日—01月10日 在线直播2021年01月16日—01月17日 在线直播二、增值服务：1、凡报名学员将获得本次培训书本及课堂电子资料；2、价格优惠：优惠一：2021年01月01号之前报名汇款可享受 200元学费优惠（仅限前八名）；优惠二：同一单位同时参加2人及以上可享受每人200元学费优惠；3、参训学员对学术相关问题在课程结束后也可以得到老师的解答与指导（邮件、微信群等）三、培训特色：1、本次课程共计四天，全部线上实训教学方式；小班授课，对知识进行由浅入深，层层递进，系统讲解；配合案例解析边讲边练，让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作；通过认真阅读文献中分子动力学的描述，能够编写in文件，以复现文献的结果，在此基础上开展自己的研究；在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求；2、课堂上建立专属班级交流平台，学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题，巩固学习内容。
四、培训课表：“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”培训班大纲（第十二期）
课程内 容
第一天 上午MD基础知识1分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中实现这些功能的命令1.1 系综理论1.2 主要算法介绍1.3 单位制1.4 积分步长的选取1.5 温度和压力控制1.6 周期性边界条件1.7 力场简介1.8 分子动力学模拟流程
第一天 下午LAMMPS基础入门2LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？2.1 in文件结构格式2.2 in文件基本语法2.3 结合实例，讲解in文件常用命令2.4 data文件格式2.5 LAMMPS常见错误解决途径: 实例操作：运行并理解跟自己科研方向相近的例子。
第二天 上午LAMMPS的建模13LAMMPS建模——掌握基本操作流程——进行LAMMPS的第一步：建立模型3.1lattice命令语法学习及晶体建模: 实例操作：lattice命令建立石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型 3.2packmol 建模语法学习及建模实操: 实例操作：packmol建立复杂成分溶液模型并转换成LAMMPS的data文件
第二天 下午LAMMPS的建模23.3VMD、OVITO、msi2lmp.exe等有机小分子建模，模型合并及轨迹文件处理 实例操作：把练习得到的模型转换成LAMMPS的data文件
第三天 上午从examples的例子学起（流体模拟方向）4 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率4.1运行examples\flow 两个简单例子并做可视化处理: 练习与思考： 4.1.1 把二维couette流动扩展成三维模型4.1.2 把二维poiseuille流动扩展成三维模型4.1.3 建立三维管道内的poiseuille流动4.1.4 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟4.1.5 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响4.1.6 模拟体系中水更改为KCl等溶液
第三天 下午从examples的例子学起（金属材料方向）4.2运行examples\shear 并做可视化处理: 练习与思考： 4.2.1 把剪切模型转换成拉伸模型4.2.2 金属、合金、高熵合金的拉伸模拟4.2.3 石墨烯的拉伸绘制应力-应变曲线（比较不同的模拟方法，不同的力场对结果的影响：reaxFF，airebo，tersoff）4.3 运行examples\friction 并做可视化处理: 练习与思考： 4.3.1 金属、合金、高熵合金的摩擦模拟4.3.2 材料切削模拟4.3.3 夹层结构(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度条件下的摩擦模拟复献
第四天 上午环氧树脂在二氧化硅表面吸附模拟(有机物无机物混合体系的CVFF力场)5 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响 5.1 建立模拟体系的初始模型5.2 运行能量最小化及体系的5.3 压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）5.4 模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。5.5 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)5.6 数据分析
第四天 下午金属、半导体材料的辐照模拟6 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟 6.1 建立模拟体系的初始模型6.2 PKA动能、位移随时间变化6.3 点缺陷结构可视化6.4 点缺陷的数量随时间变化6.5 点缺陷的空间分布及演化过程
五、报名费用：
￥3300元/人（含报名费、培训费、资料费、证书费）费用提供正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函；六、往期培训：七、颁发证书：参加相关培训并通过考试的学员，可以获得： 北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用》专业技能结业证书。 八、联系方式：联 系 人:科宇老师 报名电话：13520456594（微信同号） 报名QQ: 1446084643【注】开课前一周会务组统一通知；开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。如未收到请及时电话咨询！九、书本资料及班级群聊：
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