互动派蛋黄派 发表于 2020-5-11 16:14:53

分子对接,在pymol中形成pdb复合物后,查看相互作用力问题(氢键)

使用Autodock vina做完对接后,导入pymol软件查看配体与蛋白的氢键作用,按照教程说的find-polar contacts-to other atoms in objects,却没有显示除氢键。但是直接导入原配体蛋白又可以显示氢键关系,请问有人知道如何处理该问题么?我在对接前处理蛋白,加的是全氢,不是极性氢,有关系么?

互动派蛋黄派 发表于 2020-5-11 16:15:55

有人知道吗

科研小宝 发表于 2020-5-11 16:16:44

首先确定后对接后一定有氢键吗?一些化合物不容易成氢键

互动派蛋黄派 发表于 2020-5-11 16:17:13

科研小宝 发表于 2020-5-11 16:16
首先确定后对接后一定有氢键吗?一些化合物不容易成氢键

哦哦好的超级感谢
页: [1]
查看完整版本: 分子对接,在pymol中形成pdb复合物后,查看相互作用力问题(氢键)