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薄荷味的猫 发表于 2019-1-3 16:45:58

PYMOL软件的中文教程，想模拟核酸的结构

请大神指教：PYMOL软件如何模拟核酸的高级结构？

情感通缉犯 发表于 2019-1-3 16:46:13

pymol只是用来view，本身不能做模拟。另外，蛋白的同源模建相对成熟，DNA/RNA的结构预测不常听说

薄荷味的猫 发表于 2019-1-3 16:46:21

谢谢，我刚刚接触PyMOL，想用这款软件做一个核酸的高级结构的图。论文上还说需要pdb文件，我就有点懵圈。昨天问了一个师兄，说PyMOL还涉及python语言，不知如何入手不知您有什么好的建议吗？

情感通缉犯 发表于 2019-1-3 16:46:29

不需要会Python。pdb文件就是记录了structure信息的文件，用pymol打开留可以看到结构了。可以去rcsb pdb网站search&download，一定是有一些核酸结构的，但不一定找得到有你恰好需要的序列。

薄荷味的猫 发表于 2019-1-3 16:47:11

如果我想看一下我自己设计的一段序列的结构，如何生成pdb文件呢？我看论文里面写的是先用X3DNA program生成PDB file,然后做了一些修饰后，用PYMOL出了一张图。我目前想重复一下这个过程

情感通缉犯 发表于 2019-1-3 16:47:30

嗯那就是用x3dna这个程序先预测你核酸的结构，得到结构文件比如pdb格式，然后用pymol打开view并做图。
但我找了下x3dna这个网站，我这里的网打不开。

薄荷味的猫 发表于 2019-1-3 16:47:43

是的，我这里也打不开，谢谢你的支持

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