Vina对接的结果如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便...
Autodock 4对接的结果(输出文件格式为xxx.dlg)可以用write complex功能与目标蛋白分子一起存成一个pdbqt文件,但Vina对接的结果(输出文件格式为xxx_vina.pdbqt)无法使用conformation里的write complex功能,那么该如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便导入LigPlus进行分析?尝试过用Pymol将两个文件合并另存为一个pdbqt文件,但发现LigPlus无法读取。autodock直接关联ligplus,先用autodock保存成pdb复合物,然后ligplus打开,但是这样也存在风险,有时候显示不完整;借用DS处理一下会较好 谢谢回答,但我问的是Vina的结果,不是AutoDock的结果,Vina的结果无法保存成pdb复合物
使用pymol将dlg和pdb合并生成pdb,再用ligplus分析,个别情况下提示无法进行分析,可用DS修改化合物名称 pymol先打开大分子,然后将vina结果的out.pdbqt文件打开,就能出现在大分子中,然后save molecular,save to 一个文件,保存格式为pdb,然后用ligplus打开就行了 用LigPlus打开时出现如下提示错误:
Exception in thread "AWT-EventQueue-0" java.lang.NullPointerException
at ligplus.Molecule.getResidueRange(Molecule.java:375)
具体用DS的什么功能,如何修饰化合物名称?
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