貪戀妳的溫柔 发表于 2019-1-3 15:11:53

小白求助PDB中将蛋白与配体分开

看了之前各位前辈的方法，尝试了以下：
       1、首先试了用写字板打开PDB文件，然后删除HETATM内容，得到的蛋白在Autodock里打开，在加水分子这一步就显示“No new selection:::HOH*:*”。最后查看对接结果显示错误“ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'”
   2、用pymol，输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子，发现配体还是没有移除。
   最近刚开始接触分子对接，还望各位大神帮帮忙！

画成描眉 发表于 2019-1-3 15:12:11

用pymol做，displaysequence，找到陪体右键删除

空城依旧 发表于 2019-1-3 15:12:28

你好，能给我发autodock软件吗，刚开始接触，网上下好了没安上。。

貪戀妳的溫柔 发表于 2019-1-3 15:12:47

您好！按照您的方法去除了配体，但是保存的文件Autodock打不开啊

画成描眉 发表于 2019-1-3 15:13:06

保存为pdb格式

空城依旧 发表于 2019-1-3 15:13:15

你用DS删了不就行了吗？配体另存就可以了啊！

画成描眉 发表于 2019-1-3 15:13:25


最好用pymol进行前处理，删除水分子，天然配体及多余的链

貪戀妳的溫柔 发表于 2019-1-3 15:13:29

:handshake
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