关于APBS计算结合自由能的问题
本人一新手，想计算抗原抗体的结合自由能。想采用APBS进行计算，但是官网上的关于binding energy的教学我不是很懂。其中有一点是用APBS的coulomb这个插件进行计算，我想问使用什么样的软件可以调用这个插件？之前我试过pymol，但是只能计算表面静电势。哪位大神能够解答我的问题呢，谢谢。http://www.poissonboltzmann.org/examples/binding_energies/#topcall
apbs计算的并不是完整的binding energy，只是其中一部分。可以见这篇科学网但博文http://wap.sciencenet.cn/blogview.aspx?id=624301 完整的计算方法叫mm/pbsa（或者其变体mm/gbda），需要先跑分子动力学，然后杂合计算。可以用Amber软件，这个很多人用，不过收费，不过不贵；或者用免费的Gromacs，以及第三方开发的mm/pbsa计算程序，比如GMXPBSA或者gmmpbsa，可以参见博文http://wap.sciencenet.cn/blogview.aspx?id=808289 3楼中是“然后再计算”，不是“杂合”，打错了。
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