哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么?可以识别么?
哪位大神在Gromacs里模拟过带Ca离子的蛋白么?可以识别么?为什么我模拟过之后出来的用pymol打开氨基酸序列里边就没有钙离子了呢?刚开始做分子动力学模拟,本科生小白,希望得到大家帮助 请问同学,你的Gromacs软件在哪下载的 http://www.gromacs.org/Downloads你的是金属蛋白么,你先试试用VMD打开你的轨迹。select “not water and not protein” 看看有没有你的钙离子。
如果是金素蛋白,金属离子移位比较严重的话,在平衡阶段最好先把金属限制住,到production的时候在松开试试 :L:L:L:L:L
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