生性寡淡 发表于 2019-1-3 10:32:25

求助,gromacs模拟后提取的轨迹不显示二级结构

为啥gromacs完成模拟之后用trjconv提取的轨迹不显示二级结构,用pymol和vmd都不显示,只显示loop状,求教为啥会这样呢?拿这样我如何检查轨迹运行中的二级结构的变化呢?
另外如何解读dssp图呢?为什么dssp图上显示有小片段的beta-sheet结构,但我就是看不到呢。。。

守一座空城 发表于 2019-1-3 10:32:40

GMX提取的轨迹,可能是没有计算二级结构,在提取时应该制定运行输入文件中的结构;
另外,也有可能是提取轨迹时选取的index组不正确,提取整个protein组试试

生性寡淡 发表于 2019-1-3 10:32:48

我的确提取的是protein组,那如何在提取过程中强制其计算二级结构呢?另外我在dssp图中看到了很长一段非常稳定的βsheet结构,可是无论如何我都没办法提取到这个的构想…好着急,是因为形成βsheet的残基只有四个造成的不显示吗?

守一座空城 发表于 2019-1-3 10:33:00

不是有一个-s的选项吗,那就是指定二级结构,另外你也可以在pymol中用命令,dss来计算二级结构

生性寡淡 发表于 2019-1-3 10:33:08

:handshake
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