求助用pymol画多肽三维结构
各位有没有知道怎么根据多肽的序列,用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型,(用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以?我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列,不知道名字,这种情况该怎么用pymol来构建出三维模型呢?)急用,多谢了! 非要用pymol么?我没用pymol弄过,不知道能不能画,但是我用Amber里面的xleap构建过小肽,这个可以实现!http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分! PyMOL着实不是一个好的分子模拟软件,它更适合用于分子图形显示。
多肽有多少个氨基酸?如果较少,用Amber的tleap或者其他软件构建好初步模型,然后进行分子动力学(MD)模拟即可;如果很多,采用Modeller等软件进行同源模建,再进行MD模拟。Amber和Modeller教程参见:"http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial/" 很遗憾并没有构建出来,我只知道如果这个氨基酸序列可以找到其PDB文件,就可以在pymol里构建出来
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