心软脾气硬 发表于 2019-1-3 10:02:29

Gold对接,配体中出现不明原子,求debug

我将蛋白质结晶中的配体抠出来,加氢,构象经过处理后接回蛋白质中。用不同的蛋白-配体复合物共对接了两次,用pymol和Discovery studio观察最终生成的结果文件,均发现羰基和羧基等处氧原子处多了2个不明(Unknown)原子,且Discovery studio显示这些氧原子的杂化状态变为了sp3。http://muchongimg.xmcimg.com/data/emuch_bbs_images/smilies/cry.gif


第一次对接:
配体是多肽衍生物。
配体中含有的官能团有:羧基(离子态),磷酸酯基团(单酯),胍基,酰胺键。
在对接过程中,配体的磷酸基团上非羟基氧都报错(Warning message:
check_atom_types: atom   XX in XXX.mol2 is type   O.2 but should be O.co2);
所有部分双键均报错,链接胍基的碳都报错(Warning message:
check_bond_type:
bond   YY in XXX.mol2 is typeam but should bear);
几个酰胺键都报错(Warning message:
check_bond_type:
bond116 in C:/Users/zy/Desktop/ptp_dock/1g1h-gold/pdb1g1h-ori-lig-charged.mol2 is type   1 but should beam)
结果发现羰基、羧基和磷酸根上的所有氧原子(包括成酯的那个)均多了两个不明原子


第二次对接:
配体也可以看做多肽衍生物,但是比第一次的分子小很多。
配体中含有的官能团有:羧基(离子态),磷酸基团(不是酯),酰胺键。
对接过程中仅有一个报错,报在羧基碳上(Warning message:
check_atom_types: atom    ZZ in ZZZ.mol2 is typeC.ar but should be   C.2);
没想到所有酰胺的羰基上还是多了两个不明原子。。。


改进(并不。。。):
改变对接参数:automatic atom typing中去掉ligand的对勾,未能成功杜绝任何不明原子;
考虑到配体上的有些原子的模式电荷带有分数,在上述基础上将其存为能够保留分数电荷的.mol2格式,也未能杜绝任意一个不明原子的出现。


感谢各位老师耐心看完这些情况。。。希望各位老师能够予以解答,告诉我问题出在哪里。。。本人将不胜感激

心软脾气硬 发表于 2019-1-3 10:03:31

自己顶起来~每次都产生相似的结果。。。在chemdraw中绘制了配体也不行,老是出现unknown原子。。。。求帮助。。。

為愛停留 发表于 2019-1-3 10:03:41

什么软件对接的?力场参数不匹配

心软脾气硬 发表于 2019-1-3 10:03:51


自己顶一下。。。发现这些“原子”是孤对电子。。。
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