论坛 › Materials studio › 请问怎么统计主链的二面角分布

悲剧上演 发表于 2018-12-12 16:56:46

请问怎么统计主链的二面角分布

我想统计高分子链的珠链的二面角分布情况
请问选择那个计算参量？以及是不是要edit set?
非常感谢

心无可恋 发表于 2018-12-12 16:57:10

you could use torsion angle distribution as analysis tool in DISCOVER module. as you said, all the torsion angle as a set should be defined...

悲剧上演 发表于 2018-12-12 16:57:15

谢谢，不能定义整条链阿，在一个box里的链，每个torsion angle单独定义？就是怎么定义set不明白
非常感谢

悲剧上演 发表于 2018-12-12 16:58:46

自己提问自己解答：
具体用到Find Patterns dialog。先从长链中copy出4个C相连的结构，放在一个新的文件3D Atomistic文件中，或者手动画4个C相连的结构，保存，命名为dihedral.xsd。用工具箱中measure torsion来测定这4个C的dihedral angle的值，此时dihedral.xsd中出现torsion的值。保存dihedral.xsd，并选中这个dihedral的值，注意不要选择上原子。
调换到要测量dihedral angle的文件或者轨迹文件，用edit-->find pattens。在pattern document里选择dihedral.xsd，在match property里选择elementType，点击Find。然后所有含4个C的二面角的值都计算出来了，这需要时间。
用forcite-->analysis，此时按预设值， 点analyze即可，不用选择sets项，然后就会出来dihedral angle的分布图

最佳寂寞奖 发表于 2018-12-12 16:59:03

非常感谢,我终于做出来了，楼主是个大好人啊！！

悲剧上演 发表于 2018-12-12 16:59:11

:handshake

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