论坛 › Materials studio › 怎么在ms中建立一个64水的盒子。。急急急

把梦留给夜 发表于 2018-12-12 11:37:33

怎么在ms中建立一个64水的盒子。。急急急

如题
本人基本无基础 希望大师们能给个比较详细的操作步骤
谢谢啦

梦话多多 发表于 2018-12-12 11:37:44

先画好一个水分子，点sketch atom，下拉菜单中选择O原子，再点adjust hydrigen，再点clean，可用Forcite模块中的 geometry optimization优化。再在amorphous cell中construct中，先激活你所优化好的水分子图，点add加入64个水分子，再点construct就可以了。

雨花泪 发表于 2018-12-12 11:37:59

我是用MS生成水分子构型，然后在LAMMPS里算的。两天之后，试用期一到，我就只有Visualizer了，到时候就没有Amorphous Cell这个模块。所以我用build crystal建了一个简单立方，然后在立方的顶点上放水分子，然后再用symmetry里面的supercell进行复制。这样完全是个固体的生成过程，而且还不是冰的正六边形。但是我想，虽然系统的初始状态很不合理，但是通过MD模拟中的平衡过程，让系统达到平衡态，也能得到水的构型吧。请问这样合理吗？
趁我现在还有这个模块，再请问一下用Amorphous Cell如何确定生成的水分子构型的范围呢？而且可以直接输入水分子数目吗？还是只能点add，一次加一个？我要建立一个1800个水分子的系统，如何做呢？

梦话多多 发表于 2018-12-12 11:38:05

讲喊一个水分子的3d模型点开为active状态，然后直接点开AC中的计算或者建立，composition里面添加水分子，然后改水分子个数就是了，

雨花泪 发表于 2018-12-12 11:38:16

建好了嘿嘿~谢谢哦~

雨花泪 发表于 2018-12-12 11:39:09

你好我想问一下如何让盒子里面的东西不跑出来？

把梦留给夜 发表于 2018-12-12 11:39:12

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