云游四海 发表于 2018-12-5 17:55:58

autodock用蛋白的原配体对接蛋白，发现得分不高是怎么回事。

在rcsb蛋白数据库下的蛋白，把原配体抠掉，重新用原配体去对接，发现得分不高，是怎么回事，对接能只有-7.9。
求助。
！！！@川太狼

江雪舞 发表于 2018-12-5 17:56:07

-7.9为什么叫得分不高呢？那何为得分高呢？

云游四海 发表于 2018-12-5 17:56:16

pdb 网站上面给出的ic50在几 nmol，我接上去autodock的ki只有1umol
，差很多

江雪舞 发表于 2018-12-5 17:56:23

这是正常的。如果你要预测活性，那么可以用seesar软件。分子对接软件的ki计算本来就不准确。还不要说是IC50和Ki的比较，对于不同的分子作用机制，Ki和IC50可能是不相关的。

云游四海 发表于 2018-12-5 17:56:34

:handshake
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