东京樱花 发表于 2018-11-28 14:15:46

能否计算两个PDB文件之间的RMSD

我分阶段跑MD，取个阶段的rst文件生成PDB，那么能否计算两个PDB之间的RMSD呢？如果可以的话，用什么可以计算！
还望大家指教！

奈何桥上 发表于 2018-11-28 14:15:59

本帖最后由 奈何桥上 于 2018-11-28 14:35 编辑

之前我理解错了，

望誰回眸 发表于 2018-11-28 14:16:13

用VMD就可以吧

东京樱花 发表于 2018-11-28 14:16:26

计算轨迹的rmsd可以用pdb做reference，也可以这样计算另一个pdb的rmsd？
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