愛上自己的影子 发表于 2018-11-28 14:03:01

amber找不到mmpbsa

大家好，按照教程，我为什么在
AMBERHOME/exe下找不到mmpbsa呢？
只找到pbsa
请帮忙啊

愛上自己的影子 发表于 2018-11-28 14:03:21

在/root/Amber/amber11/src/mmpbsa_py找到了MMPBSA，但是执行时出错：
node1:~/Amber/amber11/gujiali # /root/Amber/amber11/src/mmpbsa_py/MMPBSA.py -O -i mmpbsa_1b.in -o final_mmpbsa.dat -sp com_wat.top -cp com.top -rp pro.top -lp lig.top -y prod1.mdcrd
ptraj found! Using /root/Amber/amber11/AmberTools/exe/ptraj

Error: sander is needed for MMPBSA
NOTE: All files have been retained for debugging purposes. Type MMPBSA.py --clean to erase these files.
本人安装的是并行版sander，在exe文件夹中只有sander.MPI，不知道是不是和这个有关？
请高手指教啊

愛上自己的影子 发表于 2018-11-28 14:03:42

怎么样在跑MMPBSA的时候能调用sander.mpi啊？
我每次跑MMPBSA都出现：
File SANDER is not found
请高手指点啊

是我不好 发表于 2018-11-28 14:03:49

一般命令都在 $AMBERHOME/bin/里的，你的怎么能在src目录下呢
如果bin下没有就是你没安装好

愛上自己的影子 发表于 2018-11-28 14:03:58

:L:L:L:L:L
页: [1]
查看完整版本: amber找不到mmpbsa