AMBER能否做固定某两个或多个残基距离的MD计算
大家好,我是最近刚接触Amber。想对蛋白质分子做一些MD模拟计算,基本操作会一些。
现在想把某两个氨基酸之间的距离固定起来做计算。不知道有没有可能。
如果有可能的话是要在mdin文件里写入什么参数?
一些实例中,
ntr = 1,
restraint_wt = 10.0,
restraintmask = ' :1-151'
这样就可以固定1-151残基坐标。
但是我只想让115-118和190-193之间距离不变(能否给定距离值?),坐标可以变化,又该如何做呢?
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