grace 发表于 2018-11-28 13:47:10

tleap 出现 fatal 急救

以下是在leap.log文件中出现的，输入命令saveamberparm后生成的prmtop和inpcrd文件全是空文件，有哪位高人知道怎么处理吗？或者哪里可以找到答案，谢谢啦！
FATAL:Atom .R.A does not have a type.
FATAL:Atom .R.A does not have a type.
FATAL:Atom .R.A does not have a type.
Failed to generate parameters
Parameter file was not saved.

grace 发表于 2018-11-28 13:47:34

有没有大神   

chole 发表于 2018-11-28 13:48:17

你没有删除氢原子吧。删了试试

ashley 发表于 2018-11-28 13:48:22

力场不匹配吧

ashley 发表于 2018-11-28 13:48:38

为什么要删除氢原子？有什么目的可以说明一下么？

chole 发表于 2018-11-28 13:48:48

一般要把大分子里的H删掉，tleap会根据里选的立场自动加H，否则由于你的结构文件（pdb,mol2..）里的H与力场里的H不匹配，造成错误。

ashley 发表于 2018-11-28 13:49:05

哦，原来如此！谢谢了。
还有一个不太明白的是leap生成的pdb，和ambpdb生成的pdb好像不一样。
ATOM1NLYS1
ATOM2H1LYS1
ATOM3H2LYS1
ATOM4H3LYS1
上面是leap 中savepdb 生成的PDB文件的前四行。
REMARK
ATOM1NLYS1
ATOM2 1HLYS1
ATOM3 2HLYS1
ATOM4 2HLYS1
这个是用leap生成的prmtop，inpcrd文件用ambpdb 命令生成的PDB文件
H原子的编号前者在右，后者在左。还有第四个H前面应该是3 却变成了2.一直搞不明白为什么，有没有朋友遇到过？

grace 发表于 2018-11-28 13:49:12

:handshake
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