关于amber中的cut设定
平时一直都是设置cut=10,有时候加10的水,有时候加12的水。最近看教程,发现上面提到了这个截断值的设定还是有些原则的。比如说其值应该要小于所加水盒子的半径。而且如果用PME的话,推荐设定是8A。
有些不明白了,各位说下看其中的具体原理?
谢谢。
截断值简单地说就是如果小于或等于这个数值就计算相互作用能,否则就不计算。 可以参考下这个
http://archive.ambermd.org/201006/0138.html 加进去的水密度是不到1的,300K平衡时体积会缩一些的,所以水盒子要比cut大一点,免得周围出现真空 :handshake
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