团子良 发表于 2022-12-8 17:58:08

赞!小白也能做高大上的“分子对接”了

今天题目里的“重磅”二字略显浮夸,但这个神器完全值得!近日,国内知名科研工具箱平台科研者之家(HOME for Researchers)发布了首个零基础的分子对接平台——Dockeasy。这足以重磅,是因为分子对接如果找公司至少千把块,用这个工具,一分钱不要!科研者之家官网工具位置为啥这么贵?
因为好看,放文章里显著增加逼格,进而增加期刊接受率(我猜的,但谁不喜欢图片好看的文章呢)。还因为会做的人少,计算生物学专业的同学会,一般人都不会。但其实,凡是你的文章或课题结果里涉及到小分子和靶蛋白结合,多肽和蛋白结合,蛋白和蛋白结合的结果,都可以增加分子对接的数据,相当于增加了原子水平的的结合证据,如此显然就可以让结论更加Solid啦。随便搜一篇,比如在这篇Nature Communications上的文献里,作者在实验的基础上,进行了分子对接,以说明 QPD-OTf 和驱动蛋白-1的结合。再比如我们平常生信分析里经常会分析到蛋白相互作用,针对某个靶蛋白筛选出一些小分子呀,都可以加上了。实验的时候发现上下游蛋白直接作用.....
分子对接(Molecular docking)就是从原子水平,通过计算机模拟技术,研究分子之间的相互作用过程。这个工具支持零基础,零代码,基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白对接分析,高清结果图可在论文中直接使用。比如可以做文献中类似这样的图:
比如
再比如

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